西海路上進入停車場指標。（港務處提供）

金門小三通航線開通以來，去（一○七）年的統計數據，遊客的入出境旅運量已高達一百九十二萬人次，這也讓金門港水頭港區的停車呈現供不應求的狀況，不過水頭新港區西側臨時停車場新建工程已經完成，並且也已啟用，提供九十一格（小型車停車場共八十五格、障礙專用停車位三格、婦幼優先停車位三格）免費的停車空間供民眾選擇，將可紓解民眾停車需求。
由於金門小三通旅運量年年攀升，往返廈門已經是地區民眾假日休閒的選項之一，不少民眾都會利用小三通前往廈門進行兩天一夜的旅遊，或是利用廈門進行中轉前往大陸其他省份或國外。
但是因為水頭港區腹地狹小，所以當前小三通旅運量人次多達百萬時，停車不足的問題也時時困擾金門縣港務處，這也造成不少自駕前往水頭港區的鄉親們抱怨，一位難求的情形令人頭疼。港務處為解決港區停車位不足窘境，除已先在水頭新港區的西側防坡堤空地先行劃設了五十格的臨時停車位外；還另於鄰近閒置空地興闢一座小型車停車場（免費），該停車場業已於今（一○八）年九月完工，並自即刻開放使用，預期將可以有效紓解民眾往返廈門時的停車需求。
金門縣港務處表示，該區小型車停車場，總共提供了八十五格的小客車停車位、障礙專用停車位有三格，此外還有三格的婦幼優先停車位，共計有九十一格停車位可供民眾使用。
目前水頭港區的停車場，採取的是當日進出免費，停放至隔日則是每天收取三十元的費用，並依照停放天數累計上去，該停車場緊鄰旅客出境大樓。而剛完工啟用的新設小型車停車場，港務處表示，緊鄰既有收費停車場，民眾可將車輛停放於新設小型車停車場，步行至旅客服務中心約三百一十五公尺，免除因收費停車場額滿需等候進場之停車問題，亦解決旅客服務中心周遭車輛違停所造成的道路壅塞與紊亂現象，歡迎民眾善加利用。
為方便民眾尋找合適停車位，港務處說明，自駕民眾自金城往水頭方向行駛至西海路一段經金水寺後的路口處後，路旁將有指標引導民眾進入水頭新港區小型車停車場，沿途皆設有導引標示。