港務處說明金門水頭港大型旅客服務中心新建工程歷年來工程執行情形。（許峻魁攝）

「金門水頭港大型旅客服務中心新建工程」案是地區重大公共工程，對於其歷年來工程執行情形，金門縣港務處特別說分明， 工程起案與首次國際競圖，港務處表示，小三通從民國90年1月1日起試辦營運之後，歷經了兩岸小三通擴大實施、開放陸客自由行等許多重大措施的推動下，旅客的運量呈現逐年的大幅增加，也讓水頭碼頭初期規劃的30萬旅次量已經不足以應付實際需求了。為提供更好的旅客服務，港務處即開始著手金門港埠整體規劃及未來發展計畫（民國98年至100年）；當時規劃在水頭新港區內設置大型旅客服務中心以便提升港埠服務品質，強化觀光發展及美化國家門面。
另配合水頭港新港區港池浚挖暨陸域填築工程進度，於101年起案「水頭港大型旅客服務中心新建工程」計畫，當時奉交通部提示採國際競圖方式廣徵國際建築師參與技術服務，而於102至103年間完成招標、評選、簽約等作業，共徵得95件來自世界各地優秀團隊作品，最後由台日團隊取得工作權。
不過，考量設計方案的結構工程、屋頂綠美化維護複雜，所需工程預算高，預估順利發包、完工非常困難，且需在預定基地外額外另覓停車場土地，在多次溝通討論確定無法順利調整出可行方案後，為避免本計畫期程無限期延宕，只能終止契約，並儘快重新辦理競圖招標。但履約過程中執行產生諸多成果（基地地形地貌測量、基地地質鑽探、旅客出入境通關動線計畫、CIQS使用單位需求整合內容）均續用於新案執行，加速新案推展時程實質助益。
港務處說明，為有效縮短作業時程，105年重辦競圖時改採國內競圖，過程共徵得7組國內建築師團隊，評選出的作品，融合了金門縣特殊的戰地景觀及人文歷史，進一步將軌條砦、燕尾、紅磚拱等金門元素呈現在旅客服務中心的優質建築作品，同時過去與CIQS等使用單位多次磨合之成果也反映在新案的計畫推展中。而獲選的設計團隊更聘請具有機場改建經驗之建築師參與設計，且為了旅客進出之便利性，增加了海側的登船廊道船橋及陸側的車行引道之國際級航站。
基本設計在105年11月核定後，隔年9月核定細部設計及招標文件，在辦理公開招標過程中歷經多次流標，主因是受國內擴大內需，大宗營建物料價格上漲，離島動員、運輸成本較高影響，又近年公共工程嚴重缺工、離島大型工程僱工不易、銀行融資趨於保守等不確定因素，導致台灣廠商不願貿然投入。
港務處說，在辦理數次流標檢討會議調整招標內容後，考量國內預鑄產能不足，將原預鑄工法改為場鑄工法、基樁入岩深度調整減少並將機電及空調等工項減項發包。經10次流標終在107年11月由啟赫營造公司以21億2,188萬元整得標承攬，原預定110年下半年完工啟用。
港務處強調，該案雖遭遇困難，但仍會致力排除困難，積極辦理後續重新發包作業，督促PCM及設計單位檢視前案應檢討改善之具體作法，以完成這項工程案。
而這項工程計畫未來可提供約4倍於現有旅客服務中心的樓地板面積，年旅客運量將由目前改建後容納極限200萬人次提升至350萬人次，並以每15分鐘可完成一班船的查驗作業速度為目標，所有的查驗設施如船票查驗台、行李安檢X光機、證照查驗櫃台、自動通關設備等皆較現有旅客服務中心增加約2倍的設置數量，務求可順暢完成旅客疏運作業。場站外之停車需求也規劃約30席的遊覽車停車格、463席小客車停車格、151席機車停車格及8席公車停靠站，同時也將小客車分區規劃為計程車停等區、一般民眾30分鐘免費臨停區、及長期停放計費區，滿足不同使用需求。未來也將取得綠建築標章銀級以及智慧建築標章合格級，成為金門縣第一座大型公共示範性智慧綠建築。