有關金門地方街頭有所謂的「反《反滲透法》」連署活動，並認為反滲透法是「蓄意破壞兩岸和諧關係的手法」、「可能為金門帶來嚴重衝擊，甚至可能導致小三通斷航，兩岸關係大倒退」的說法，陸委會表示，這些不實的論調顯然是對反滲透法有所誤解扭曲，也是危言聳聽。陸委會要再次鄭重強調，「反滲透法」是針對滲透干預的不法行為，一般正常的兩岸交流並不會觸法。臺商、臺幹、臺師、臺生正常的經商、工作、生活、就學，以及參與政治活動、發表政治言論的權利都不會受到影響。對於在兩岸交流最前線的金門鄉親，與中國大陸間單純「不涉及滲透作為與不法行為」的購屋置產、宗教活動與文化交流，赴陸探親訪友聯誼等，更不會是「反滲透法」的規範範圍。
有關外界表示「反滲透法嚴重違反民主程序」的說法，陸委會也表示，這是悖離客觀事實之言論。「反滲透法」的通過，不是違反民主程序的產物，而是符合現行臺灣法制需求的防護網。境外敵對勢力對臺灣的滲透分化是國際公認的事實，政府有必要採取適當的防衛作為，維護自由民主憲政秩序。自去年5月起，朝野各黨團及立法委員就陸續提出不同版本的反滲透修法草案，經行政與立法部門共同研議、不斷協商，參採社會各界意見後，以各版本草案為基礎，整合出最終在立法院通過的版本。
另關於外界認為「反滲透法」是「政府打造新戒嚴時代的工具」，陸委會也強調，這是錯誤解讀、過度臆測的說法。蓋「反滲透法」的規範內容具體明確，構成要件相當嚴謹，行為人必須主觀上對於滲透來源、滲透作為及不法行為具備認知並有意使其發生，才會受到處罰，並不會因為往來中國大陸或與「滲透來源」有所接觸就構成犯罪。個案上是由司法機關做嚴謹的認定與判斷，不會有「動輒入罪」的問題。對於合法有序的兩岸交流，政府一向予以鼓勵支持，「反滲透法」可以防範境外敵對勢力的政治黑手介入，維繫穩定有序的互動，讓國人更安心地從事兩岸交流活動。
陸委會最後說明，「反滲透法」的施行，不是政府阻礙兩岸交流的工具，而是用以保障臺灣長遠社會安定與民主法治不受破壞的里程碑。舉凡兩岸間正常的往來與活動，只要不涉及接受境外敵對勢力的滲透而從事不法行為，都不會有問題，請國人放心，請台商放心。