武漢肺炎疫情席捲全球，也引起不少民眾的恐慌，小三通為地區重要門戶，金門縣港務處也極力落實各項防疫措施，並且強力要求航商務必落實執行環境消毒與各項清潔，以提供安全的搭乘環境。
為防範武漢肺炎擴散，金門縣港務處配合地區武漢肺炎疫情應變指揮中心的指示，港務處於日前邀集相關的駐站單位以及各航商召開應變會議，而在會議當中，除了強力要求「請航商務必配合要求小三通乘船旅客要全程配戴口罩，否則不同意入境」的措施之外，同時也請CIQS駐站值勤單位，加強來宣導通關旅客全程配戴口罩；此外為了要確實、落實的進行有效防疫作為，自即日起請航商落實執行船上環境消毒與清潔項目，提供旅客安心搭乘的環境。
金門縣港務處表示，在日前的應變會議中也說明，為了因應交通部航港局自今（一○九）年二月一日起減縮金廈泉的小三通航班，由每日往返四十二航班減縮至每日往返十航班，航班時間也調整為：金—廈航線於每日上午十時三十分、中午十二時、下午一時三十分與三時等時段，由金門與廈門對開；金—泉航線，則為每日上午十一時十分，由泉州開往金門，另下午一時四十分，是由金門開往泉州，共計兩班次。同時也請浯江輪渡有限公司配合於上午九時開始售票，九時三十分辦理出境通關手續，並且張貼售票時間變更公告以便讓民眾知曉。
港務處表示，為了防治武漢肺炎進一步擴散蔓延的可能，港務處方面在大廳以及管制區內將會加強公廁、地面與設施相關清潔、消毒作業，同時也會強力要求清潔承包商，務必每天四個時段進行消毒作業，防止病毒。各項消毒作業包含以消毒水擦拭座椅、扶手、門把、水龍頭、公共電話等，並且以消毒水進行洗地、以消毒水拖拭入境動線，將再檢示水頭小三通入出境動線感應式酒精消毒機數量與位置，再酌以新增與調整，俾落實防疫作為與防範武漢肺炎擴散，秉持專業、用心、效率的精神態度，提供予旅客可安心搭乘。
港務處也再次強力呼籲，請搭乘小三通船班的旅客，務必一定要全程配戴口罩，否則將無法入境，同時進入水頭通關中心場站旅客請配戴口罩，請旅客密切注意航班異動訊息，相關航班訊息，可至「交通部航港局」官網https://www.motcmpb.gov.tw/查詢，共同維護工作人員的健康及旅客安全。
另外，中央疫情防疫中心於二月一日也宣布了，從二日起凡是經過小三通入境者，就必須要接受居家自主檢疫十四天的時間，相關防疫單位也籲請旅客為了自我健康與他人安全，一定要配合政策，在自主隔離期間切勿外出，並盡量與家人保持一定距離，同時採取適當防護措施（配戴外科口罩與良好衛生習慣）。