武漢肺炎疫情狂燒，陸委會6日經中央流行疫情指揮中心討論，並就整體疫情防治、國境管理和地方意見進行通盤考量後，昨日終於拍板決定，有關金馬地方政府建議暫停小三通客船往來一事，基於防疫優先，將自109年2月10日起實施，並由該會辦理後續報院程序。
金門縣政府昨日在接獲這項訊息後，也由秘書長代表楊鎮浯縣長向媒體說明後續相關因應事宜，陳朝金說，這次疫情來勢洶洶，金門縣政府防疫強度雖採高規格整備，但是疫情一日數變，不論是縣府或民眾都一致要求中央暫時關閉小三通，因為金門整體防疫能量還是有其侷限。
而在中央拍板暫停小三通客船往來後，針對8、9兩天可能出現的入境人潮，陳朝金表示，縣府會準備充足的車輛以及人力，並協調各航空公司必要時候加開航班因應，他同時強調，這只是過渡時期權宜的措施，無論是中央或地方，只要上緊抗疫發條，一定能撐過愈來愈嚴峻的疫情。
他也指出，這次暫停「小三通」只是針對客船，並未包含貨船在內，貨船還是可以正常往來，但相關的消毒檢疫措施，不容許有絲毫鬆懈。至於如何因應後續對地方產業可能造成的衝擊，他說，縣府會有一些輔導補助措施，協助地方產業度過難關。另金酒廈門公司14名金門籍同仁，也將配合防疫需要，自下周一起暫回金門總公司上班。
陸委會昨天也說明，此為第2次因應防疫需要，暫停小三通客船往來。依據「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第32條規定，試辦期間，如有危害國家利益、安全之虞或其他重大事由時，得由行政院以命令終止一部或全部之實施。92年因應SARS疫情蔓延，政府也從5月17日暫時關閉金馬小三通客船往來，直到當年7月18日才恢復通航。