金門縣政府訂定發布「金門縣檢舉違反毒性及關注化學物質管理法案件獎勵辦法」施行，檢舉人因檢舉而查獲違反「金門縣檢舉違反毒性及關注化學物質管理法案件獎勵辦法」規定情事，經縣府查證屬實者，得發給檢舉人實收罰鍰金額百分之十之獎勵金；檢舉人現為或曾為被檢舉人之受僱人者，得發給檢舉人實收罰鍰金額百分之三十之獎勵金。另，其有特殊或重大事蹟，經縣府審查同意者，獎勵金核發比率不受前項規定限制。
依金門縣檢舉違反毒性及關注化學物質管理法案件獎勵辦法規定檢舉人得以書面、言詞或電子通訊等方式向縣府檢舉違反其法案件，並應提供下列資訊：
一、檢舉人之姓名及聯絡方式。
二、違反其法案件發生之地點或其他可得確認之位置敘述。
三、可供查證之相關事實、證據、照片、影片或資料。前項非以書面檢舉者，縣府於必要時應通知檢舉人到達指定處所製作紀錄。
檢舉人有下列之一情形者，不發給獎勵金：
一、以匿名或虛偽姓名檢舉。
二、檢舉人為各級環境保護主管機關人員。
三、非以書面檢舉，檢舉人經通知拒絕製作紀錄。
四、檢舉之污染案件為各級環境保護主管機關已查獲之污染事實。
五、就同一污染案件，檢舉人已依其他規定領有檢舉獎勵金。
縣府得依其檢舉辦法組成審核小組，審核獎勵檢舉之案件。審核小組以書面審核為原則；必要時，得實地查證。依其辦法第六條規定，二人以上先後檢舉同一污染案件者，僅獎勵最先檢舉者；無法分別先後時，平均發給之；二人以上共同或同時檢舉同一污染案件者，以該案件應核給之獎勵金金額平均分配之。
縣府發給檢舉人之獎勵金，其檢舉內容之行政處分，雖經訴願或行政訴訟撤銷處分，且非檢舉不實所致者，已發給之獎勵金不予追回。
另，縣府或其他機關對於檢舉人姓名、年齡、住址、身分資料或其他足資辨別檢舉人之資訊應予保密；縣府對於檢舉人之安全，於必要時，得洽請當地警察機關提供保護。檢舉人因檢舉案件而受有威脅、恐嚇或有其他危害行為之虞者，縣府應洽請警察機關依法處理。