小三通暫時關閉以後，原先人來人往的出入境檢查檢查口，立即變得空蕩蕩。（許峻魁攝）

從二月十日（星期一）起，小三通第二度暫時停航，已經經過一個禮拜的時間了，原本每天車水馬龍，人來人往的水頭碼頭旅客服務中心，從十日開始瞬間成了一座空城，僅剩往來大小金門的交通船載運地區鄉親。不過金門縣港務處處長何佩舉表示，港務處將會趁停航的這段時間，全面來加強檢視旅客服務中心與港口的設施，並且盡快來進行維修整頓。
由於二○一九新型冠狀病毒武漢肺炎疫情在大陸延燒，也讓與大陸廈門交流頻繁的金門小三通不得不面臨是否停航的抉擇，最終行政院大陸委員會在二月七日發出新聞稿表示「金馬地方政府建議暫停小三通客船往來事，基於防疫優先，經中央流行疫情指揮中心討論，將自一○九年二月十日起實施」。
港務處長何佩舉表示，從二月十日停航以後，港務處部分將會朝向針對硬體設施等面相來進行總體檢，因為過去人潮太多，造成部分設備無法改造的，例如浮動碼頭的整建，油漆修補等方面，都會加緊進行改造；另外在旅客最常使用的手推車部分，也會全面檢視損壞狀況，並利用這段時間請浯江輪渡公司來進行整修工作；此外在警力部屬部分，因為水頭旅客減少之後，這段時間的重心將會放在北防坡堤巡邏與料羅港，因小三通貨運部分還是正常運作。
小三通自二○○一年元月份開航以來，金門、馬祖成為與大陸往來密切的區域之一，尤其是金門與廈門之間更甚，雖然在二○○三年，由於SARS事件的爆發，小三通曾暫停一段時間，但在復航之後，小三通對於金門民眾以及不少台商而言，重要性與日俱增；近年來幾乎每年的人流量是年年創新高，尤其在二○一九年中之際，金門還開心的喜迎第兩千萬人次的造訪。
受惠於小三通僅三十分鐘船程的便利性，也讓金門與廈門逐漸形成所謂的「金廈一日生活圈」的概念，從早期金門的大陸一條街，到近年來陸客團、陸客自由行也成為金門經濟的重要支柱，彼此的依存性很高，但是二度停航同樣也因為病毒的關係，為了民眾生命安全不得已為之的防範措施。而自停航之後，原先設點於出境位置的昇恆昌免稅店，由於商品有保存期限，也只能暫時將商品移往他處，人員部分則只能先行調往機場或是金湖廣場。