為因應新型冠狀病毒肺炎疫情的發展，國立金門大學針對開學後無法到校上課之中港澳學生及未來若遇有居家隔離、居家防疫或就醫學生的學習，提出安心就學措施，並由該校教務處擔任聯絡統一窗口，綜整陸生、港澳生的彈性修業機制與相關配套。
金門大學教務處教務長吳俊毅表示，符合安心就學措施的學生提出申請並經核准後，將不受每學期修課學分數、課程數下限的限制，並由教務處協助選課。然因疫情發展而決定辦理休學的學生，休學期間也將不計入修業年限之計算，並可辦理全額退費。同時為確保學生學習品質，各授課單位與授課教師將協商上課方式，提供彈性評分機制，並採同步或非同步之遠距教學或數位課程支援，於教學平台或「YouTube」、「微博」、「優酷」、「百度」、「WeChat」、「QQ」、「Line」及「Facebook」等社群平台上提供上課影片、數位教材以及相關課程資訊。吳俊毅表示，諸多彈性就學措施之提供就是為了讓學生能安心就學，順利完成學業。
金大表示，為因應疫情之發展，也將針對學生之學籍、成績及請假進行彈性考量，另針對國內外姊妹校交換、實習等異地學習的安排，除保留其優先權外，也主動協調交換學校或實習單位進行調整。在學生輔導方面，學務處與各學系（所）導師已啟動關懷輔導機制，適時轉介校內外相關單位，以提供相關資源協助學生進行必要之心理與學習上之關懷輔導。