交通部航港局表示，船員防疫需配合中央疫情指揮中心規定，自台灣時間3月19日零時起，所有非本國籍船員禁止入境，國籍船員入境後都需居家檢疫14天。
航港局指出，積極與移民署、各港務警察總隊及臺灣港務公司通力合作，所有國籍船員入境皆須向移民署辦理申報，而為協助居家檢疫船員返家事宜，已提供防疫租賃車聯絡等相關資訊予輪船公會、船代公會與海員工會等，協助業者接送船員，杜絕防疫漏洞。
　同時，航港局為加強港口船員防疫管制，目前每天彙整各商港入境船員人數，若航商或航港局人員登輪檢查時，發現船上有人員健康異常狀況，將立即通報疾管署，並持續向港區作業人員宣達佩戴口罩及手套等個人衛生防護措施，共同防堵疫情擴散。