馬山港預定碼頭位置空拍圖。（縣府提供）

金門縣政府為因應逐年成長的小三通客運需求，改善水頭港在旺季的擁擠現況，並兼顧東西半島經濟發展，提出在107~108年間辦理「金門東半島多功能碼頭可行性評估」案，獲中央政策支持，歷經多次專家學者審查、現場會勘及召開地方說明會，最終選址定案於馬山西側海域。
縣府說明，因戰地歷史因素，早期金門島北端許多對外貿易口岸，不是已經荒廢，就是湮沒於火炮的塵埃中，而金門島南端仰賴太武山屏障躲避戰爭攻擊之便，對外港口也僅仰賴料羅港作為金門與臺灣船運樞紐，但隨著兩岸局勢的演變及大、小金門客貨運需要，近年來逐步完善的水頭、九宮兩港區，也正式以一港三港區（料羅、水頭、九宮）納入交通部核定的金門國內商港港區範圍。
至於未來計畫新建的馬山港，將是金門國內商港第四港區，主要任務為輔助經營小三通客、貨運，對接泉州石井港及備援未來翔安機場轉運旅客，以紓解水頭港區快速增加的旅客量，並平衡東西半島經貿發展；次要任務為提供東半島海上遊憩據點與緊急避風水域，也將納入符合多功能碼頭的使用需求，協助活絡地方經濟及促進產業轉型。
縣府指出，依金門港各港區發展定位，料羅港為金門地區貨運及未來跨境電商物流的主要營運口岸；水頭港則是小三通客運、藍色公路島鏈及未來遊憩船基地的重要據點；九宮港將繼續肩負烈嶼地區客、貨運輸之重任，並拓展海上遊憩產業據點。
而有關縣府積極向中央爭取馬山建港計畫的過程，縣府也說明，108年5月間，縣長楊鎮浯邀約立法院交通委員會及交通部等相關部會，抵金視察地區交通建設。當時交通部部長林佳龍在聽取縣府簡報和地方民意後，同意將馬山港案納入五年一期的國內商港發展計畫，並讓此案提前啟動進入更實質的規劃設計，同時將廈門翔安機場等可能的影響因素，一併納入檢討，希望全案能於下期（111~115年）計畫中順利進行。
另縣議會議長洪允典去年12月間，特別帶領議員李應文、王碧珍、楊永立、李養生及議會主管等人，由縣府祕書長陳朝金和相關局處主管陪同視察「馬山港區」劃定、配置和辦理執行情形。洪議長肯定馬山港區建置完成後，可帶動東半島的發展與繁榮。李應文及楊永立等議員則表示，小三通船泊應規劃4席以上泊位，並應規劃於周邊納入小船泊位。另楊永立及李養生等議員也提到，港區範圍應儘量劃大才有擴充空間，也不致於在建港完成後出現不夠用的窘況。
隨後，依據可行性評估結果，縣府持續辦理「金門國內商港區域（料羅、水頭、九宮、馬山）劃定」案，並於今年初開工，目前也正辦理期末報告審查，將依預定期程於今年10月報請交通部核定。
縣府表示，本案工作內容包括全面檢討金門國內商港整體實質營運及發展需求，修訂既有三港區（料羅、水頭、九宮）港區範圍，並劃定東半島馬山港港區範圍，希望進一步完善金門對外交通建設及提升區域競爭力。
縣府也說明，馬山港選址定案，在建設開發進行前，尚有諸多法規明定的前置行政作業必須完成，推動過程有賴地方與中央政府共同合作。去年11月縣府邀請中央相關部會研商馬山建港應辦理事項，會中獲得各部會寶貴意見及指導，讓本案推動有所依循。
而今年6月初，立法院交通委員會及交通部等相關部會再度抵金視察本縣交通建設，並與楊鎮浯縣長及相關人員就本案深入討論，顯示中央與地方均高度重視本案推動情形。另同年6月12日縣府召開金門國內商港增設馬山港區作業說明會，會中與各國有土地管理機關達成共識，未來將配合交通部核定的計畫內容辦理土地撥用。
縣府指出，本案相關前置作業包括整體規劃、環境影響評估、水下文化資產調查、海岸管理利用說明……等項目，已爭取修正納入106～110年金門港埠建設計畫辦理，後續將於111～115年金門港埠建設計畫持續辦理。待本案劃定成果經交通部核定，縣府將據以公告，並同步辦理港區範圍內的土地撥用及土地利用管理變更程序，最後將配合國土計畫的推動轉軌調整港區土地分區。
縣府強調，馬山建港計畫實現端賴縣府團隊的決心、縣政政策的延續及中央政策的支持；縣府團隊將戮力協調中央部會共同推動，絕不讓計畫案淪為口號，也請鄉親持續給予縣府團隊支持。
另本案係縣府積極落實的「重大交通系統開發及沿線帶動」政策之一，期待透過興建東半島發展所需的交通基礎建設，將人流引入東半島地區，同時推廣觀光配套行程，藉以吸引旅客長駐當地觀光消費，並促進產業轉型及多元化，再創東半島繁華願景。