房屋稅是按房屋實際使用情形，適用不同的稅率，即房屋如果出租給他人作住家使用，則按非自住稅率課徵房屋稅；若承租人作營業使用時，則按營業用稅率課徵房屋稅。金門縣稅務局表示，依「住家用房屋供自住及公益出租人出租使用認定標準」規定，個人所有住家用房屋無出租使用、並供本人、配偶或直系親屬實際居住使用，且本人、配偶及未成年子女自住用房屋全國合計三戶以內，即可按自住住家用稅率課徵房屋稅。房屋如不出租恢復為自住使用時，記得於事實發生之日起三十日內向所轄地方稅捐稽徵機關申請改按自住用稅率課徵房屋稅。
若未領有使用執照之房屋，不因納稅而變成合法建物，稅務局指出房屋稅係以附著於土地之各種房屋，及有關增加該房屋使用價值之建築物，為課徵對象，無照違章建築房屋，也不例外；並依房屋實際使用情形分別按不同之稅率課徵。而房屋稅之完納，只是納稅義務之履行，不能據以使違章建築房屋變成合法。
一般民眾以為違章建築房屋，可能隨時會被拆除，誤以為不用申報、不需繳納房屋稅，稅務局強調為求課稅公平及健全稅籍起見，對於任何地區違章建築房屋在未拆除前，均應依法於房屋建造完成之日起卅日內向稅捐稽徵機關申報設立房屋稅籍。若違章建築房屋不予設籍課稅，不僅增加稅籍管理之困難，對合法房屋來說更有失公平，也可能發生反效果，助長違建之情形。
稅務局提醒納稅義務人，房屋如有使用情形變更，應依房屋稅條例第7條規定，自變更之日起30日內向當地主管稽徵機關申報，以免受罰。另常有地區民眾詢問，移轉不動產所書立的契約書（公契），印花稅稅額尾數不足一元部分要不要貼印花？稅務局表示，依印花稅法第九條規定，印花稅以計至通用貨幣元為止，每件應納印花稅之憑證，經計算後印花稅額不足一元及應納稅額尾數不足一元的部分，無須四捨五入，均免予繳納。
此外，金門縣稅務局也表示依法院判決確定證明書或和解筆錄單獨申報移轉現值者，以申報人向法院起訴日當期公告現值作為申報移轉現值課徵土地增值稅。如果義務人於訴訟中死亡，由其繼承人承受訴訟，嗣經法院和解，依和解筆錄記載，應由繼承人完成繼承登記後移轉土地，如持法院和解筆錄單獨提出土地現值申報，其申報移轉現值之審核，應以義務人死亡日當期之公告土地現值為準。