疫情影響，金門農工原訂於5月17日至20日舉辦籌備已久的40週年校慶系列活動，經校方召開相關會議審慎討論，並與家長會長黃文欣、校友會理事長陳再發、文教基金會董事長黃平山等共同研議，一切以防疫為重，決議將校慶活動調整如下：
　一、校慶慶祝大會（含傑出校友表揚、特殊貢獻獎頒贈、資深優良教師表揚等）、農業水產教育館啟用典禮、校史館數位典藏工程啟用、歌唱大賽等活動延期舉辦，並俟疫情趨緩後再行通知辦理。
　二、校慶系列活動：體育競賽、社團聯展、校慶聯誼餐會等活動取消。
　三、另有關學生學習歷程成果展、師生美術作品展覽、各科學藝成果展等活動如期辦理，惟將縮小規模，恪遵防疫規定，僅限於本校師生相互觀摩學習，暫不對外開放。
　金門農工表示，該校師生成果展覽將以影片呈現，提供連結，分享貴賓、校友、家長等，以展現學生豐碩成果。另為維護師生安全，遵守政府因應防疫規範，配合落實相關限制措施，校園環境與教學、活動、用餐等均嚴格要求遵守相關規定。