因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情，金門高中配合教育部發布規定，自5月19日（星期三）至28日（星期五）停止到校上課，改採居家線上學習；但教師們仍應上班（到校或依學校需求異地線上授課）。停止到校期間學生無需辦理請假手續，亦不列入出勤紀錄。
因改採居家線上學習，教育部已彙整建置線上學習資源，提供多樣學習資源管道與平臺選擇，家長亦能透過平臺了解學生學習情況。另，為避免同時大量登入現有教學平臺造成壅塞，教育部亦提供無需帳號登入的線上學習資源取得管道，並分科安排近幾週課程單元，學生與家長可由此取得居家線上學習所需資源，學校線上補課部分請參閱網站最新消息。如學生家中無相關設備，將由學校優先提供弱勢學生平板、筆電及行動網卡等借用服務。課程、教學與評量方式將以彈性多元的方式處理，並採從寬認定為原則。
同學可利用以下資源，於停止到校上課期間線上學習：
1、因材網數位學習資源Youtube頻道：https://www.youtube.com/channel/UCFfPPM-2hZrctgmlyYHawmw
2、教育雲線上教學便利包：https://learning.cloud.edu.tw/onlinelearning/
3、疫起線上看：https://video.cloud.edu.tw/video/co_topic_2.php?cat=18
4、因材網：https://adl.edu.tw/HomePage/home/
5、台北酷課雲：https://cooc.tp.edu.tw
6、均一教育平台：https://www.junyiacademy.org
7、PaGamO：https://www.pagamo.org
8、LIS 情境科學教材：https://lis.org.tw
9、學習吧：https://www.learnmode.net/home/
10、CoolEnglish：https://www.coolenglish.edu.tw/
另外，停止到校上課期間，各項活動（社團活動、校隊訓練、各項講座）皆取消辦理；住宿生及晚餐搭伙人員於停課期間依實際停課天數全額退費；畢業典禮全面採收看預錄影片方式辦理，視疫情調整相關訊息將另行公告。
停課期間，校方會持續關懷每位同學的健康情形，若孩子或家人有發燒、呼吸道、不明腹瀉或嗅味覺異常等症狀，請儘速就醫，並主動回報學校，停課對當事人造成的生活影響很大，但唯有守住疫情擴散，才能讓大家的生活早日恢復正常，防疫期間感謝大家共體時艱。
防疫最新訊息校方會持續公告於學校網頁，請隨時掌握最新防疫資訊。如有任何疑問歡迎與學校連絡，連絡窗口：1、防疫事項：學務處，電話：082-325450分機211。2、課程事項：教務處，電話：082-325450分機112。3、學生輔導：輔導室，電話：082-325450分機611。