金門縣政府建設處發布行政院農業委員會依漁業法第五十四條第五款訂定「嚴重特殊傳染性肺炎疫情期間沿近海漁船作業應行遵守及注意事項」，並自即日生效，若違反相關規定者，處漁業人或漁業從業人新台幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並得依相關規定收回漁業人之漁業證照、漁業從業人幹部船員執業證書或漁船船員手冊一年以下處分；情節重大者，得撤銷漁業人之漁業證照或漁業從業人幹部船員執業證書或漁船船員手冊，籲請漁業人或漁業從業人遵守防檢疫期間規定。
依據該規定沿近海漁船出海作業，除緊急避難或救難外，不得有下列各款情形之一（海上接觸史）：（一）、進入大陸地區或外國港口。（二）、與大陸地區船舶或外國籍船舶接駁人員、傳遞物品，或其他接觸。而且，COVID-19疫情期間，漁船船長應於海上航行期間每日詢問船員健康狀況，如有疑似症狀，應立即通報漁業通訊電臺或漁業監控中心，受理通報單位應作成通報紀錄表。
在漁業監控中心接獲通報後，應於漁船進港前六小時，將其通報紀錄表併漁船海上接觸史通報港口所在地衛生單位。漁船進港時，無海上接觸史而船員有COVID-19似症狀者，依相關規定辦理評估及就醫流程；有海上接觸史者，依第四點至第六點規定辦理。
至於有海上接觸史之漁船船長應依下列期限規定，主動通報漁業通訊電量或漁業監控中心，受理通報單位應作成通報紀錄表：（一）、第二點第一款情形：於離開大陸地區或外國港口前通報。（二）、第二點第二款情形：於進入我國漁港六小時前通報。前項漁船進港應依漁業監控中心指示停泊指定港口；出海之漁船經行政院農業委員會認定有海上接觸史者，依前項規定指示該漁船停泊指定港口。
海洋委員會海巡署於漁港內查獲漁船有海上接觸史者，漁船應依漁港管理機關指示，停泊指定碼頭區域。漁船涉及走私、非法入境之行為時，依嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心有關規定辦理。
有海上接觸史之漁船進港後應辦理檢疫作業，但活魚運搬船及白帶魚運搬船，依「漁船運搬養殖活魚管理辦法」及「沿近海白帶魚產銷輔導及漁船運搬作業辦法」規定辦理。漁業人應配合安排漁船船員居家檢疫場所及防疫車輛，漁船船員於辦理檢疫作業前之等待期間，不得擅離指定碼頭區域。
另依規定檢疫作業之漁船，漁業人得於漁船進港後十小時內完成卸魚，並遵守下列事項：（一）、卸魚作業人員應實名登記，進人卸魚區應先測量體溫，卸魚後應注意自身健康。（二）、所有人員應全程佩戴口罩及手套。（三）、卸魚作業人員應與船員保持一公尺以上距離。而應辦理檢疫作業之漁船卸魚未能依前項規定辦理時，漁業人應委請政府立案之清潔消毒業者，將漁船全面清消後，另委由該船船上船員以外之人員，進行卸魚。
縣府建設處亦籲請疫情期間沿近海漁船作業應遵守相關防檢疫及注意事項，若違反應主動通報而未通報、未依指示停泊指定港口、未依規定安排居家檢疫場所或防疫車輛、擅離指定碼頭區域、卸魚不符合第七點第一項或第二項規定情形之一者，主管機關依規定處漁業人或漁業從業人罰鍰等處分，此外，於檢疫期間如有違反檢疫規定者，依傳染病防治法、嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例規定辦理。