日前傳出對高中學生升學權益極為重要的「高中學習歷程檔案」，由於系統問題，造成81所高中職之109學年度下學期學習歷程平台資料毀損及遺失，金門高中亦為受影響學校之一。因為遺失的檔案在9月5日至22日之間，校方請學生在老師的認證下重新上傳。
金門高中表示，學校目前公告遺失的檔案範圍，僅限於「9月5日至9月22日期間」，有上傳「109學年度第2學期『課程學習成果』及『多元表現』檔案」到學校平臺的部分學生，學習歷程平台工程師已進行相關緊急處理，學校主責老師也進行清查。目前已知的檔案受損學生名單，校方已通知各班同學及導師，並公告在學校網頁—108課綱專區—最新消息。校方請同學於9月30日上傳截止前，完成自己的資料查核；若被老師退認證，請於10月7日前完成重新上傳之動作。
學習歷程檔案，主要希望透過系統性的引導，逐步累積高中三年的學習軌跡。學習歷程平台內容涵蓋四大項目，包括基本資料、修課紀錄、課程學習成果和多元表現。
「基本資料」即學生學籍資料，包含姓名、身分證字號，擔任校級、班級、社團幹部紀錄等。「修課紀錄」為學生在每學期的修課學業總成績及課程諮詢紀錄。
「課程學習成果」為學生在某一特定課程，產出的書面報告或實作作品，且須經過授課教師認證確實為課程成果。多元表現和課程學習成果都由學生自行挑選並上傳，扮演凸顯個人特質的重要角色。
「課程學習成果」容許的樣態相當多元，內容除文字，也可以是影片，只要是學生認為最能彰顯自己的課程表現，在每學年結束後自行選擇六件，三年累積共十八件，到高三進行校系申請時，再從中挑選三件上傳所欲申請校系，學生在此項目的表現便可充分展現學習潛能。
「多元表現」強調學生在彈性學習時間、團體活動時間，及其他課外時間的各式成果和作品。由於新課綱提供更多彈性學習時間，學生可以自主學習，參加選手培訓，或各式特色活動，平日在校時間能參與社團、班級自治會活動，在課後也能參加校外活動競賽或志工服務學習。多元表現即是讓學生有更多展現自我的空間，而不是以學業成績定於一尊。除了一般常見的檢定證照，各種學習成果作品、活動及幹部經驗，或特殊優良表現的證明都能列入。和課程學習成果不同，多元表現項目的上傳不限於課程產出，不需要經過授課老師的認證，課內、課外作品都可涵蓋在內。