水頭港區停車場於一百一十一年七月一日起回歸金門縣港務處維管，金門縣港務處考量受疫情影響，小三通目前尚處於暫時停航狀態，小三通停車場原為計日收費之停車場，已自今年七月一日起，暫時停止收費，俟後續情形滾動檢討。
　金門縣港務處指出，金門縣港務處「水頭港區公有停車場管理辦法」暨「水頭碼頭烈嶼通勤專區停車管理要點」已完成修正並公告施行，高雄港務警察總隊金門港中隊將持續加強取締水頭港區違規停放車輛，請民眾務必配合將車輛停放至停車場內，以維護港區車輛停放秩序。
　另為便利烈嶼地區通勤人員往返大小金門間之停車問題，金門縣港務處仍舊延續保留烈嶼通勤專區停車場供適用對象停放車輛。