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為因應Omicron變異株影響及邊境逐步開放後可能之疫情衝擊，儘速提升民眾免疫保護力，金門縣流行疫情指揮中心表示，配合中央政策，自10月3日起，開放第二階段對象追加接種Moderna COVID-19雙價疫苗。
金門地區指揮中心說明，Moderna COVID-19雙價疫苗，10月3日開放接種對象為醫事人員、機場港埠、居家檢疫相關工作人員及航空機組員\船員、機構與社福照護系統相關工作人員、50至64歲成人，以及18歲以上因外交、公務、洽商等工作需求需出國者。接種Moderna COVID-19雙價疫苗須與最後一劑基礎劑／基礎追加劑或前一劑追加劑應間隔至少12週（84天）。另外，18歲以上因公務等因素需出國之民眾，接種時請攜帶健保卡、疫苗接種紀錄卡、機票，以及邀請單位邀請證明、目的事業主管機關核准函或公司同意出國證明三擇一，供接種單位核對身分。
自9月24日起，Moderna COVID-19雙價疫苗提供65歲以上長者、長照機構住民、18歲以上免疫不全及免疫力低下且病情穩定者，作為接種追加劑，截至昨（30）日，金門縣累計施打人數105人，呼籲符合接種資格之鄉親，能儘速前往合約醫療院所預約接種疫苗，以提高保護力。地區指揮中心昨日公布金門地區新增83例COVID-19確診者（統計時間29日0-24時）。確診者累計15,971例（含軍人及觀光客等外來確診個案），約占本縣常住人口24.05%；確診者解除隔離15,321例。不少鄉親對於中央與地方每日公布的確診個案數或死亡數有所差異屢屢提出質疑，地區指揮中心再次強調，主要因為計算方式不同。本縣公布的確診人數，以實際在本縣醫療院所就診之民眾進行統計，除實際居住者外，也包含軍人及觀光客等外來人口；中央公告的人數，多數以健保卡內所載個案的地址作縣市歸類，但實際上，確診個案未必發生在金門地區，以致兩者每日公布人數有所不同。但以9月29日疾病管制署官網公告本縣確診累計個案與地區指揮中心公告之個案數（統計至9月28日止），兩者幾乎一致，其部分差距在於疫調回報所致。此外，本縣自疫情至今，統計至9月28日止，計有25位死亡個案曾被確認為新冠肺炎，但經中央判定後，確認新冠肺炎死亡人數20人。
金門縣流行疫情指揮中心再次呼籲鄉親應儘速完整接種疫苗，在任何場域，都應該做好自我防護，保持社交距離，落實手部衛生與佩戴口罩等個人防護措施；減少參與集會、餐聚與大型活動，宴席不得逐桌敬酒敬茶，用餐盡量採用外帶方式；避免出入人多擁擠的場所，或高感染傳播風險場域；主動積極配合各項防疫措施，共同嚴守社區防線。同時，衛生局也會持續確保藥物準備充足、監測中重症治療情況、以及監控社區與機構感染及傳播狀況。