為配合即將投入營運的金門港旅運中心，同時為增進公有停車場的管理效益，落實使用者付費原則，金門港務處表示金門港旅運中心以及原旅客服務中心收費停車場，預計從明（115）年1月15日起（或是自金門港旅運中心實際啟用日起），導入智慧停車管理系統，並且採取自動化停車管理機制。
金門縣港務處表示，金門港旅運中心與原旅客服務中心收費停車場收費方式，屆時依已公告之「金門港旅運中心及原旅客服務中心收費停車場管理規範」收費標準收費。從115年1月15日起（或自金門港旅運中心實際啟用日起），前述停車場設置的自動化停車管理設備，於車輛通行入口閘門後，即開始依收費標準計費。而自動繳費機將會提供多元化的繳費方式，包括：現金、信用卡、悠遊卡、一卡通及行動支付方式（LINE Pay、 Apple Pay）等多種便捷繳費管道，以便利民眾繳費。
港務處說明，停車場車輛通行方式，為通過入口自動感應式閘門後即開始根據公告的收費標準進行計費，停車30分鐘內離場免費；停車時數逾30分鐘的車輛，於離場時須先行至現場的自動繳費機螢幕輸入車牌號碼，系統將自動查詢停車時間以及應繳金額，確認後選擇支付方式並完成繳費。自動感應式出口閘門設置有車牌辨識系統，會即時感應車牌號碼及自動比對繳費紀錄，確認無誤後閘門會自動開啟，車輛即可順利駛離停車場。另為便利民眾繳費，各場域之停車場內皆有設置繳費機。
另外，針對身心障礙者的收費機制，為當日前4小時免收停車費；超過4小時以上，依車輛所停放停車場收費標準之半價計費。請駕駛人向停車場管理中心諮詢，或運用設置於出入口自動式閘門通道及自動繳費機之「雲端即時影音對講系統」，向服務人員出示身心障礙手冊證明。
金門縣港務處表示，民眾於使用港區停車場時，如有任何疑問及需援助情形，可向停車場管理中心諮詢，或是利用設置於出入口自動式閘門通道、自動繳費機上的「雲端即時影音對講系統」諮詢服務人員，或以手機撥打免付費專線0800-360-369洽詢。