金門縣港務處公告，將會從五月一日（星期五）起開始調整規費，屆時「旅客服務費」將採差別費率辦理，由現行無身分差別收取統一價格，修正為非金門籍民眾的服務費將調整為「一百六十元」，港務處提醒民眾務必留意費率異動情形。此外，遊艇碼頭碇泊費將按船身長度進行收費。
金門縣港務處於三月底發出「金門港港埠業務費費率」的修正公告公文，相關的修正內容將會在今（一一五）年的五月一日起正式實施，目的在於支應港區設施維護成本並落實使用者付費原則。
金門縣港務處表示，將從五月一日起修正「金門港港埠業務費費率」，而此次調整重點包括「新增遊艇碼頭碇泊費計費方式」，以及「調整旅客服務費收費標準」。港務處同時強調，透過費率結構合理化，將有助於港區基礎設施的永續經營，並為往來旅客提供更優質、安全的候船環境與服務品質。
旅客服務費主要是對離境旅客均收取旅客服務費，由搭乘國際線輪船離開中華民國境內之旅客負擔。
港務處說明，針對兩岸及往來旅客最關心的旅客服務費，五月起將調整為採用「差別化收費」措施，明確區分金門縣民以及外地旅客。
目前現行費率採取的是統一價格，不論旅客的身份別均是收取一百元的費用，從五月一日調整實施新規之後，金門籍的旅客收費仍是維持每人新台幣一百元，但是非金門籍旅客則調整為每人新台幣一百六十元。港務處指出，這項調整規費是為了因應營運成本增加的必要舉措，但在過程中也特別考量在地居民的權益，保留優惠空間。
相關費率詳細對照表已經公布在金門縣港務處的官網（https://gov.tw/9Cr），提醒民眾先行瞭解費率異動，新建成的旅客服務中心也歡迎旅客親身體驗嶄新的旅運空間。
另外，在遊艇管理方面，金門縣港務處說明，因應近年海上遊憩風氣興起，新制將改按「船身長度」計費。該項公告指出，遊艇基本計費長度設定為二十四點四公尺，未逾此標準者每日收取新臺幣四百五十元的費用，然超過標準者則會增加至每日收取六百元的費用；相關費用內含港區清潔服務費。此舉的目的主要是在提升碼頭泊位的分配效率，讓各類船舶能獲得更精準的資源對接與環境維護。