自大三通全面開展，兩岸直航航線、航點不斷增加，再加上消基會降低票價的要求，小三通「成本」優勢日漸流失，更重要的是，大陸福建正積極籌備「黃金通道」的海上直航，小三通勢必面臨另一波衝擊，值得高度重視。
由海峽兩岸航運交流協會主辦，福建省交通廳、廈門市人民政府承辦的兩岸海上直航圓桌會議於16日在廈門舉行。會議中，大陸交通運輸部發佈了9項進一步促進兩岸海上直航政策，其中最受注目的包括航點的擴張，以及對兩岸海上直航業者的免稅優惠；同時，福建更積極欲於年底前打通福州至臺灣定期客運航線，打造所謂「黃金通道」。此外，廈門市今年八、九月將開通廈-澎新航線，廈門、台中的新航線也將在九月份常態化。廈澎航線的開通，意謂「海、陸、空」聯運不再是金門的專利，雖然船程較遠，但廈澎航線人車同船、滾裝客貨運的優勢，是金廈小三通所獨缺。
事實上，第11屆海交會中曾簽訂一項重要合作項目，即往返福州新港與臺北港間快速客貨運輸航線的「海峽快捷走廊」，此一項目充分顯露對岸經營海上直航的雄心。根據「海峽快捷走廊」構想，將引進萬噸級大型雙船體、高速滾裝渡輪，上層載客，下層載車、載貨，速達42節，計劃每日兩班，單次可承載旅客1200人、貨物1000噸。福州市副市長陳為民還表示，此一項目建成後，福州、臺北航程只要2.5小時，將大大推近兩岸距離，逐漸實現所謂「早出晚歸」的「一日生活圈」。
目前金廈小三通最大優勢在於航程短、航班多，且價格便宜。今年暑期因應人潮已加開航班，在理想狀態下單日往返三十六班，可消化9000名旅客，但受限於設施不足，通關速度緩慢，偶而還會因為天候造成台金機場或金廈海上航班停航。面對海上快捷走廊的一日生活圈直達台灣，以及廈澎新航線與運輸新形態的出現，顯然金廈小三通發展空間勢必日漸受限。
雖然目前小三通已全面「正常化」，加上兩地政府刻意為廈、金、台旅遊線加持，短期內人流量有增無減，但面對各種新形勢的發展，金門實應禦之未發，先期進行整體宏觀調整，莫待危機成形，將面臨欲振乏力，競爭力盡失的窘境。
我們認為，小三通常態化成為兩岸通航管道之一，此乃大勢之所趨，硬要將兩岸所有連結都集中於金門一點，客觀上金門不具條件，實務上也僅能是不切實際的空想。當前，金門能做的唯有在旅運各個環節上加強聯繫，提供更優質服務，結合戰地風情、閩南文化等獨特觀光資源，加強金門旅遊市場區隔，積極開發內涵豐富的自由行。最重要的是，金門從上到下，從官到民，大家必須有相同的危機意識，摒除惡性競爭惡習，在市場上做出口碑，在消費者心中留下好印象，換言之，應從各個方面積極提升金門旅遊接待競爭力，才有機會在這波結構重整、重新洗牌的過程中勝出。