隨著金廈小三通班次增加、往來人數的攀升，金廈小三通船票的合理性問題，也逐漸浮出檯面，被消費者、鄉親所重視，船公司業者以票價不敷成本，堅不降價；許多鄉親則抱怨票價過高，市場壟斷。為弭平不滿，也為了兼顧業者與消費者彼此利益，業者有必要提出更公開的計價標準，為票價做說明，以取信大眾，也建立消費者對船公司業者的信心。
鄉親及民意代表多次反映，金廈小三通航運熱絡，每日航班高達三十多班，載客率超過7成，但票價結構不透明、票價偏高，有極大檢討調降空間，且對於金門本地鄉親並無相關優惠措施，小三通航運利多政策並未惠及當地鄉親，有一併檢討辦理之空間。例如，縣長李沃士在小三通碼頭行李全程雙向直掛的啟動典禮上，就曾力主小三通不但要在時間成本上勝過直航，票價方面更應與其一較長短，金門才有競爭優勢；日前與高雄港務局長蕭丁訓碰面時，也當面提出比照廈門調降票價的訴求。
目前金廈船票，由水頭至廈門東渡碼頭，單程票價為六百五十元，另加一百元清潔費，只有馬可波羅公司本著回饋鄉親，對金門籍旅客以票價八折優待，對此，要特別肯定馬可波羅公司回饋鄉親的舉措，可惜據聞該優待措施將於五月底停止，對鄉親的優待不再。
票價過高，一直被鄉親所詬病，認為各家船公司業者同一票價，壟斷市場，對於消費者實在不公平。但是，業者卻異口同聲大嘆入不敷出，生意不如民眾所想像，實情為何，相關單位應進一步瞭解。
立委陳福海曾就此提出質詢，表示金廈小三通航運自民國90年開航已來，運量穩定成長，至97年底年旅次已超過97萬人次，通航口岸亦由和平碼頭擴大至五通、東渡及泉州等3處碼頭，航班由不定期航班到當前每日三十多班定期航班，每日搭載旅客高達3,000至5,000人次，金廈間航班之熱絡暢旺，遠超預期。且金廈間航班穩定、客運暢旺，惟票價結構長期不透明、票價有偏高之嫌。航商卻以票價結構非僅油價一端，堅持無法調降，說辭難以服眾。
金廈小三通係當前熱門航線，未來仍有極大發展空間，尤以97年6月小三通正常化方案實施以來，載客率節節上升，伴隨油價回降，航商獲利能力亦隨之水漲船高。如航商營運管理及財務管理能力沒有問題，小三通票價應有極大調降空間。
另外，小三通航運績效近年雖然成長驚人，但鄉親也抱怨，小三通過往客商並未對金門經濟或其他產業發展，有太大助益，甚至小三通的船票，對金門的鄉親，也沒有任何優惠或回饋措施。目前只有馬可波羅公司以回饋鄉親，凡金門籍票價以八折計，其他船公司則不動如山，都有檢討的必要。
鄉親普遍認為，小三通航運票價政策事涉公益，不能任由航商予取予求，相關單位應深入檢討票價結構，回應民意，適度調降票價，並要求航商應對金門鄉親有優惠或回饋措施。
事實上，縣府在民國九十年就曾針對金廈航線票價結構進行分析，認為「固定航線」水頭至廈門單程四百一十元，優待票三百五十元。因此，目前的票價是否合理？業者如何計算現在的票價成本？都有再討論的空間。
我們能理解，金廈小三通航班，並非班班客滿，淡季時，也有一班只有寥寥幾人的狀況，但是，較之過往，近年來，大陸、台灣客往來金廈人數年年大幅增加，旺季時甚至一票難求，卻也是不爭的事實，金廈航程並不算遠，現有的票價是否合理？有無調降空間？需要各界一起來檢討，船公司業者也有義務向消費者說明相關成本計價資訊，表現誠意，共創雙贏。