金門水頭碼頭設施，在縣府及各界爭取支持下，逐日強化，漸趨規模，相關單位紛紛進駐，為往來兩岸旅客提供更便捷貼心的服務。但隨著兩岸情勢和緩，金廈小三通人數一再增加翻新，水頭碼頭設施不足的情況，亦慢慢顯現。
過去水頭主要是做為大小金門往來碼頭之用，相關設施本就因陋就簡，雖然地區各界多次爭取改善，但成效有限，中央不是相應不理，便是以國家財政經費拮据搪塞，使得水頭碼頭的相關設施，一直未能進行規模化興建。
金廈小三通實施後，因為國家政策未定，水頭的建設也無法因應現實需要快速成長。縣府及地區民代大聲疾呼，要求中央正視，無奈中央遲遲未能積極回應，先天不良，後天又失調，導致如今水頭碼頭無法負荷急爆的小三通人數，各種窘境一一呈現。
水頭碼頭由於當初並非有計畫為小三通設置，而是因應需要逐漸擴建而成，因此，無法真正滿足旅客需要，更無法與廈門東渡等國際性碼頭相提並論。水頭碼頭如今的亂象，實際上不能全歸咎於地方政府，真要怪罪，中央的缺乏遠見與未能充分回應地方鄉親心聲，才是最應被究責的。
水頭碼頭出入關動線不良，常被小三通旅客所抱怨。因為受限於原場地面積不足，但又為了滿足日益增多的小三通往來旅客需求，使得出入關動線被迫一再修改，也造成目前的旅客動線無法盡如人意，出入關、候船、免稅商店位置，動線流暢度不足，影響出入關的不便。可以想像的是，這樣的亂象，將隨著金廈小三通日趨活絡，而更加突顯，在未能全面改建之前，如何在現有面積範圍內，規劃出更好的旅客動線，值得有關單位再深入思考。
另外，水頭港船席不夠，造成金廈小三通船班誤點、無法按時靠岸，不僅嚴重損及旅客權益，也大大影響台商等人經由小三通往返兩岸的意願。
目前金廈小三通船隻，包括：東渡、五通、石井，每天往來計四十多班次，班次可以說相當密集，但水頭碼頭小三通停靠船席卻嚴重不足，往往許多預備要入港停靠的船隻，因船席不夠，被迫要停泊於港外，等碼頭船隻離去後，才能緩緩入港，導致靠岸時間頻頻誤點，有時一耽擱便是半小時，常讓返台的旅客因無法趕上原訂飛機班次而焦急不已，打亂既有行程。對於金門爭取成為兩岸旅客轉運站的目標而言，可以說是一大傷害，因此，水頭碼頭停靠船席嚴重不足的問題，必須及早因應解決，否則，在硬體設備無法滿足基本的需求下，成為兩岸旅客轉運站的夢想將淪為空談。
金廈小三通實施近十年，一路走來可以說相當艱辛，慶幸的是，在鄉親及縣府共同努力下，水頭碼頭粗具規模，但是，小三通往來旅客的人數，因為兩岸關係轉好速度超乎預期，使得小三通旅客人數急遽倍增，更突顯水頭碼頭相關設施嚴重欠缺的現況，為了讓金門走出去，也為了保持金門基本的顏面與尊嚴，做為與大陸交流的最重要大門│水頭碼頭，相關單位有必要挹注全力，予以改善。