蓋生物多樣性係人類自工業革命以降，對環境大肆破壞以後的省思。我們發現了人類的生活不能只靠科技來解決，良好的自然環境才是我們生存的後盾。近代許多物種被消滅後，科學家亦發現生物鏈及生物系統面臨瓦解。甚至因為人類對海洋漁獲的大量攫取，除了海洋資源枯竭，也成了氣候劇變的幕後兇手。而維護生態系統的穩定，則有賴於生態系統的多樣性。
金門縣政府過去多年來亦曾針對單一物種進行調查，以擬定保護措施對其族群數量進行維護，以確保其基因的多樣性。例如：歐亞水獺，由於棲地消失、河道水泥化，使其面臨巨大的滅種危機。要讓水獺能在金門的自然不致消失殆盡，則必須維持其族群一定數量，此所謂基因多樣性。除了水獺之外，黑翅鳶(本地人稱為「黑箭翎」)乃是金門代表性的猛禽，其以捕捉野鼠為主食。但因為這類物種對於環境十分敏感，所以這種雪白色的猛禽從曾經是上百隻數量的族群，如今已幾乎不見於金門田野。若無法即時進行保育工作，則這一類維持金門野地生物鏈完整的物種，將可能因此消失。
此外，一個棲地系統內生物種類的數量，則是維持棲地生物系統是否能穩定存在的關鍵，此稱為物種多樣性。比如說，河川內因為外來物種(例如：吳郭魚)的入侵，造成原本河川內許多原生物種的消失，而使得生物物種趨於單調，更因此破壞了原本的平衡。原本金門的河流中是不會有吳郭魚的存在，但因為不當的引進，吳郭魚消滅原本在河川當中以藻類為食的小型原生魚類，例如：大鱗細鯿魚等，而使得河川中藻類大量繁殖，形成水質的優養化，此直接危害到我們自己的水源。是故，政府在擬定生態保育工作時，亦必須同時考量各項因子缺一不可。原生系統中的每一種生物都是經過千百萬年演化的結果，才能造就適合金門本地的生物系統，讓金門自然環境的生態系統得以穩定存在。簡言之，自然界沒有所謂的害蟲，即便是造成人類困惱的一些昆蟲，也有其在生態系統中的功能。
最後，由多個生態系統構成較大的自然環境系統，必須具備多樣的生態系統。例如：金門的森林系統、溼地系統、近海的海洋系統等，彼此交織成穩定的金門自然環境。這些系統彼此之間依存依賴，方能讓金門島的自然環境得以永續的存在，我們也才能健康無虞的生活其中。為了維護金門的自然環境，金門縣政府從物種的基因多樣性，乃至生態系統的生物多樣性，多年來陸陸續續提出研究及保護計畫。但是，最終能否實踐環境保育的目標，則還需要居住島上的居民能將保育工作視為生活的一部分。否則，再多的研究工作，最後只能化成留存檔案室的歷史文件。對環境的破壞，最終受害者不會僅發生在自然環境，必回嗜人類本身。這也是多年來，金門縣政府仍然正視自然保育工作。但不可忽視的事實，保育人才在本地仍屬缺乏，特別是我們正面臨後繼無人的狀況，這也是政府必須面對及改善的課題。