為加強服務兩岸人民、廠商、學生、旅客，目前兩岸兩會正洽商互設辦事處。初期我方政府已提出希望在台商及台生人數密集處，在北京、上海、廣州三地優先成立，大陸方面則提出設置地點為台北，而我方立法院也依照兩岸關係條例規定，正在審查「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在台灣地區設立分支機構條例草案」，雖然目前朝野對互設辦事處仍有爭議，以長遠計，在兩岸和平發展形勢下，雙方互設辦事處乃大勢所趨、水到渠成的事。
以去年而言，台灣赴陸旅遊、經商、就學的人數超過534萬人次，大陸來台觀光或進行各項交流人數超過240萬人次，以官方最保守估計，去年兩岸貿易總額突破1200億元，截至去年台商對大陸投資金額高達1286億美元，佔台灣對外投資八成以上，兩岸經貿社會文化交流頻仍，以政府公權力來確保、維護我國人在大陸地區投資、經商、旅遊、就學與從事各項交流權益，早該設立，延宕至今正凸顯兩岸關係複雜與變化，因此從另一項意義，互設辦事處確實對兩岸和平發展帶來鞏固與深化的效果，在兩岸關係發展上具有里程碑的意義。
站在金門立場與角度，對於互設辦事處可有幾項思考，第一、應否積極支持廈門市成為兩岸互設辦事處成為下一波的優先新據點，海基會駐陸辦固然應優先選擇目前台商、台生或台灣觀光客較多地方來優先設置，然而有了駐陸辦所提供各項服務功能，也會相對地吸引更多台商、台生與觀光客前往廈門，因此廈門有了台灣駐陸辦，才能真正發揮對台的優勢，廈門向來打著與台經濟社會文化對接的旗號，金門若能積極協助廈門成立駐陸辦，對廈門助益甚大，廈門會感激金門的協助。
其次、金門若積極協助廈門設立駐陸辦，更是幫助自己。廈門的駐陸辦可提供使用小三通的陸客各項旅行文件的申辦，簡化與便捷往來金廈之間，加上透過廈門駐陸辦進行人流管理與推介旅遊，對金門小三通將是重要的加值化措施，激勵金門觀光業。此外，未來廈門駐陸辦可就近向廈門市政府提出金廈間的各項問題，包括後續對金門供水、供電，整治金廈水域與海飄垃圾、空氣污染、規範大陸漁民越界捕魚等等，都將對整體金門投資與生態環境改善助益甚大。
此外，台灣駐陸辦都是各部會官員合署辦公，包括陸委會、教育部、交通部、國科會、衛生署等等，目前各部會已在提報派駐人數，編列預算前往中國大陸長期駐點，因此未來廈門設立海基會駐陸辦，建議廈門辦事處宜有金門縣政府派駐人員，以有效縮短行政協調流程提高效率，提供往來兩岸民眾更便捷的交通旅遊服務之外，也能針對金廈次區域合作做出更多的交流、更多專業的貢獻。