小三通開辦至今13年了，預計月底就可以誕生第一千萬名的旅客，回首小三通開辦第一年往來人數僅兩萬人次而已，一千萬人次的航運業績，象徵著小三通增長快速，蒸蒸日上，成為兩岸往來便捷的重要渠道。但更重要是在兩岸關係中扮演和平穩定的角色功能，直航前的小三通，在兩岸陷入僵局關係冰凍時注入絲絲暖流，具有緩和關係的效果；在兩岸實施大三通直航前，小三通扮演中轉所積累的經驗與成效，更是兩岸大三通順利開展的實務技術與社會心理的基礎，因此，小三通在兩岸關係和平發展具有重要的歷史地位，這是兩岸的高度共識。
小三通第一個千萬人次出現固然值得紀念與慶賀，但無可諱言，小三通從去年開始也出現的逆成長，衰退的速度也相當驚人。2011年金門小三通往來人數達到147萬人次高峰後，2012年僅達145萬人次，微幅下滑，2013年上半年出現快速邊緣化，其中陸客衰退最多，同比去年，衰退達27%，台客也有11%的衰退，人流衰退率皆創下歷史新高，探究衰退原因，已可確定並非季節性因素，而是市場結構因素所致。
2009年的兩岸空運直航，初期往返每週只有108班，如今2013年已高達616班，直航航點也從21個直航點，擴增到全大陸54個直航點，不到4年兩岸航班增加5倍以上，航點增加2.5倍，加上兩岸直航票價漸趨合理，甚至出現促銷票，致使兩岸的直航市場大幅瓜分了小三通人流運量。相對地，明年開始離島機票將漲兩成以上，勢必使小三通邊緣化情勢更加「雪上加霜」。
除了，空運直航之外，兩岸海運客運直航近年來也日趨頻密，目前平潭至台中、基隆兩地，每月客運量分別已達2萬、1.2萬，人數增幅快速，加上最有市場潛力的台北港又準備投入開航，從兩岸直航市場的外部因素分析，金門小三通邊緣化趨勢明顯，政府與民間若不積極作為，前景實屬堪慮。
為挽救小三通，千萬別邊緣化，以下提出「三個千萬」政策，拋磚引玉，提供各界參考，第一個千萬是「千萬要加值政策」，直航市場力量必須要靠兩岸政府政策合作「因勢利導」，透過加值小三通抗拒邊緣化，例如小三通人流簡便通關程序必須再簡化，短期以快速落地簽等簡便通關作業、未來朝向免簽目標努力，此外，政府宜擴大免稅範圍，無論是實施空間與商品種類，宜儘速擴大，目標朝全島免稅努力。
第二個千萬是「千萬要投資吸引」，大陸方面常抱怨金門接待與服務能力不佳，很難擴大開放遊客來金，例如大陸國旅系統就因此拒絕前往金門，因此要擴大吸引觀光客來金消費與觀光，提供必要足夠觀光基礎設施，規劃遊程亮點，增加金門觀光魅力，就必須鼓勵企業投入五星級的優質飯店與度假村已不可免，除吸引國內知名飯店業者投資之外，也應開放大陸業者投資。
第三個千萬是「千萬要永續發展」，金門面對廈漳泉城市同城化過度、快速發展，維護島嶼生態與保育甚為重要，這不但是金門主要的區域差異，也是未來觀光與城市特色所在。