金門縣政府經巡查及民眾通報已經分別於嚨口及尚義兩處玉米田發現疑似秋行軍蟲，縣防疫所進行採檢寄至農委會防檢局鑑定，現場將疑似入侵的玉米田植株移除並就地焚毀，加強週邊農地偵察檢疫，由於金門地理位置與大陸僅一水之隔，農友應及時巡查秋行軍蟲的行蹤，如果發現應該立即通報，以免疫情擴大。
秋行軍蟲在全台擴散，日前於苗栗、宜蘭、嘉義、台東和花蓮等縣市發現確認個體，緊鄰大陸福建的金門首當其衝，日前農委會防檢局長馮海東及農業試驗所江明耀博士等人趕抵金門視導秋行軍蟲防治情形與整備能量，除現勘農業區秋行軍蟲性費洛蒙誘蟲器設置情形，並主持防治會議，說明台灣目前對於蟲害的防治及處理狀況，在金門每年栽種約2000公頃的高粱、小麥及常見的花生，都是牠會危害的作物，說明各單位必須在蟲害發生初期，透過農民的通報及防治作業，盡量避免讓秋行軍蟲的入侵與繁衍，將農損降到最低。
秋行軍蟲原分佈於美洲熱帶、亞熱帶地區，主要危害高粱、玉米、水稻等禾本科作物，2018年擴散到東南亞，大陸也有18個省區市淪為疫區。秋行軍蟲肆虐全台，農委會宣布目前民眾通報秋行軍蟲幼蟲包括：苗栗縣、宜蘭縣、嘉義市、台東縣、基隆市、台北市、新北市、桃園市、新竹市、台中市、彰化市、雲林縣、台南市、花蓮縣、金門縣、連江縣、澎湖縣，幾乎全台淪陷。農委會評估一旦成為蟲災，年損恐逾新台幣35億元，比禽流感還嚴重，而秋行軍蟲飛行距離可達100至250公里，與大陸一水之隔的金門僅數公里，加上西南氣流推送，可能成為害蟲入侵的灘頭堡，一定要嚴陣以待。
目前金門五鄉鎮已設置20個偵測點，自6月5日起以傑克森誘蟲器及秋行軍蟲性費洛蒙開始執行偵測工作；而防疫所內準備的蘇力菌等防治藥品約可處理100公頃的受害農田，若有更多需求則會立即訂購。並依農委會指示為即時掌握及處理秋行軍蟲危害與疫情控制作業，於6月13日成立秋行軍蟲監控處理小組，各單位依業務分工，完成各項疫情防範及資材整備工作，掌握該害蟲發生狀況，倘若發現該害蟲則啟動緊急防疫措施。
防疫所優先針對玉米田進行尋查工作，防疫所人員13日傍晚在金寧鄉海濱嚨口聚落玉米田發現疑似個體，縣府動員建設處、防疫所及農試所人員於現地進行採檢，發現特徵相符的個體後，立即將現場玉米移除並就地焚毀；後續又接獲尚義海濱陳姓農友通報農田發現5隻3-5齡特徵與秋行軍蟲相符的成蟲，為避免害蟲擴散，採檢後進行預防性移除作業隨即焚毀，同步通報農委會防檢局進一步確認鑑定後，再進行其他防治作業。
秋行軍蟲一個世代約三十天，從幼蟲長為成蟲約十天，在尚未長成具飛行能力的成蟲前，就是最好的「黃金消滅期」；幼蟲會朝著作物上方爬，心葉和穗最容易出現明顯危害痕跡；隨著氣溫提高，幼蟲期將會縮短，一旦轉為成蟲繁衍速度將會增快，金門發現的個案位於海濱地區，推測兩處的秋行軍蟲應該是來自對岸的個體。
當前防疫措施上，農委會研擬三階段計畫，目前本島僅發現秋行軍蟲幼蟲屬於「第一階段」，鼓勵民眾積極通報疑似案例，確定者立刻落實現地銷毀機制，農民做好田間管理，在最短時間內盡力殲滅幼蟲，降低秋行軍蟲繁衍的族群密度。若一旦確認秋行軍成蟲入侵數量持續增加，就會進入「第二階段」採取強制噴藥政策，藉此減少族群數量，由於秋行軍蟲與斜紋夜盜蛾防治方式相近，過往的防治方式可立即使用，再依當時防治效果、疫情監控狀況；最後如果噴藥都無法控制，就會轉為「第三階段」以「自主管理」拉長防疫戰線，到那個階段可能爆發疫情失控，要有秋行軍蟲長期對抗的打算，已經無法完全阻絕牠的為害。
隨著金門、馬祖、澎湖等離島陸續傳出蟲害災情，離島更應強化檢疫措施，包括來自疫區寄主產品、貨櫃和運具的檢查，也要在機場、港口和貨櫃場定期巡查。防疫除了要農友的配合與防治政策的支持外，就目前的危害速度與金門作物種類分析，需謹慎注意7、8月的高粱種植期，必須在蟲害發生初期進行必要防治，共同為守護金門農業安全而努力。