近年來，金門海岸線大量侵蝕流失，破壞沿海生態，引起民眾關注。其中最主要原因是大陸採砂船越界在金門海域盜砂情形嚴重，不僅影響兩岸情誼，更造成金門島嶼地質地形的改變，讓金門地區土壤流失、漁源枯竭。尤其金門的地質地貌變化，自古以來均與大陸息息相關，有著密不可分的關係，對於這個棘手問題，地方政府除了加強對大陸盜砂船的嚇阻與取締，也希望能取得中央的協力，研擬相關防護作為。然而有關地區海岸線掏空與國土流失問題，這不是一朝一夕就能解決的問題，在尊重生態工法的前提下，地方政府也應研擬短、中、長期系統性防護作為，並積極爭取中央補助防護等經費。
金門海岸多岬灣，地理及海象環境影響，金門本島北側海岸及向東海岸岬角北側砂灘較寬廣之外，其餘砂質海岸由於潮差大，其高灘部分長期多具侵蝕傾向，迄今，金門海岸流失、退縮及海崖崩塌已是很嚴重的問題。根據學者研究指出，陸方若繼續在福建沿海狂抽海砂，造成金門沿岸沙灘嚴重流失，將是金門生態浩劫的警示，一旦當沙灘流失，恐怕將永遠無法恢復。中國大陸越界大量抽砂行為已是不爭的事實，且大陸違法抽砂船猖獗，不只遍布台灣海峽，肆虐台灣管轄的金門、馬祖、澎湖等離島水域，更遍及亞太地區各地盜採砂石，嚴重破壞海洋生態環境。
政府在歷次管考會議都會進行檢討，針對金門海岸線明顯退縮之地區，如安岐、青岐、青嶼、官澳及新頭等，目前都已彙整送交各單位提報須釐清有涉及侵蝕之點位，並轉請內政部提報「金門海岸致災地點防護及因應措施推動專案小組」討論，建請屬國家公園範圍內地區由內政部督促金管處本於權責妥處，在非屬國家公園範圍地區，則請第八河川局研擬相關防護作為。另外，有關海岸線掏空問題，工務處目前的作法是參考澎湖縣試驗設置竹樁防風固沙方式，並將擇期前往當地觀摩查勘；但因該問題係屬全縣性，該處也將排列優先處理區域；同時在尊重生態工法前提下，研擬短、中、長期系統性防護作為。
大陸長期越界抽砂，看似兩岸關係的一環，除了造成我國島嶼海岸流失退縮、海崖崩落，破壞海洋生態之外，也衝擊我國漁民生計與經濟活動。從台灣、澎湖、金門到馬祖，都遭遇到了大陸抽砂船的抽砂危機，除了海巡加強驅離以及查扣抽砂船之外，經濟部和內政部分別研議修改土石採取法以及中華民國經濟海域及大陸礁層法，來加重抽砂船員刑度到七年，罰金上修到八千萬元，希望達到嚇阻的作用。期盼政府加強取締，同時喚起國內社會大眾關心，中央地方政府民間共同來守護我們珍貴的海域環境。