「嚴重急性呼吸道症候群」(ＳＡＲＳ)的疫情傳開之後，除了引起全民的高度重視及關切外，也因金馬和大陸一水之隔，連帶的使疫情和小三通的議題聯結在一起。在談防疫工作的同時，也因ＳＡＲＳ而突顯出兩岸小三通實施以來，許多亟需商討並形成具體運作方案、機制的不足。

隨著ＳＡＲＳ病例的持續出現，也讓許多人恐慌的心情如影隨形的揮之不去。在這波的防疫大戰中，實施小三通的金馬地區因為和大陸來往頻繁，擔心因小三通管道而讓疫情跟著「通」過來的人不在少數，希望暫時關閉小三通，以防杜疫情的聲音不斷。當然，在這個談「疫」色變的節骨眼中，如何對疫情做有效的控制、防止疫情的蔓延，進而能有效的治療，成為當務之急，因此而採取的相關措施，其實都是可以理解的，畢竟生命無價、健康第一，相對是每個人所最關心的。但在這波的ＳＡＲＳ的疫情中，同時也更加突顯小三通在實務操作面有許多要重視及努力的地方。

小三通雖然是以金馬地區為試辦地區，但因而引發的事務卻是「牽一髮而動全身」，往往都是兩岸必須共同面對。如防檢疫工作的重要性，在小三通開辦之初，相關單位都有專業的瞭解與認知，不論對人或對物，都應該有一套具體可行的方案、措施。可是一有疫情出現，防檢疫能力不足的問題統統浮上了檯面。另外，讓大家一直關切的是醫療問題，此時除了要關心金門有多少隔離病床，更重要的是醫護人力、能力，甚至整個體系的強化，單單有硬體的建設固然是必須的，但相對的是要專業人力的增加及水準的不斷提昇。

小三通所涉及的事務本來就相當的廣泛，舉凡經濟活動、防檢疫、醫療、治安、緊急救護，甚至政治層面，再到每個單項事務都必須有周全的規劃，這些周全的規劃，往往不能單方面說說就算了，尤其要建立在雙方順暢的協商管道及健全的機制。

我們也瞭解，不論是金馬有關防檢疫、醫療、緊急救護等等方面體系的健全與強化，或是各項與對岸的協商、合作及機制的建立，都是極大的工程，也需要時間、人力、財力、物力的投入，甚且是政治議題的牽扯。

可是不能讓這些已經顯現的問題持續存在，反而更應體認這些問題的迫切性，要從法令、制度、經費、技術等層面全面加以檢討，以彌補不足的地方。但更重要的是，所有的改善、強化工作及機制的建立，不是只在解決目前的困難，而是要成為小三通過程中必備的條件，我們也確信，經由這些條件不斷的改善、充實、健全，才能讓小三通在安全、互利的情況下持續推動。