疫情升溫，金門縣政府為確保全縣業務正常運作，縣府各單位開始啟動居家辦公及異地辦公雙軌進行，採取辦公場所公務人力分流應變措施，居家辦公人數每日以不高於現有員額三分之一為原則，目前以5天為一週期，計95人實施居家辦公；另府外所屬機關（構）則自行審酌業務性質，分流應變措施整備程度、員工確診及受匡列居家隔離情形，視需要即時啟動。
縣府社會處已公開單位內異地辦公情形，包括該處婦幼科、社福科約三分之一人力移到金城綜合社會福利館上班，其餘科室部分人力移到金湖社福館、中蘭社福館上班。
事實上，金沙鎮公所4月25日接獲金門縣防疫指揮中心通知，金沙國中有確診個案，為保護公所員工及洽公鄉親之安全，翌日即啟動異地辦公，員工分區、分流辦公，同時也將進一步啟動去年三級防疫管制期間異地辦公機制，主要藉以減少各樓層員工人數，以及減少員工跨區和民眾間之接觸。
由於台灣地區每日確診人數已突破兩萬人，台中巿政府從4月18日起提前實施防疫措施，洽公民眾不可到各局處，統一由各局處派員在市府及陽明市政大樓一樓為民眾服務，辦公室也分艙分流，確保施政的能量能持續運作。台北市長柯文哲已下令北市府各機關自5月2日起全面啟動居家辦公、分艙分流，盡量實施居家辦公，會議盡量以視訊方式辦理，降低人員接觸感染之可能。
縣府所屬機關從兩年前新冠肺炎開始不久，為保有基本人力維護公務正常運作，特別訂定「金門縣政府因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情人力運用及辦公場所應變措施」。縣長楊鎮浯要求務必落實縣府同仁澈底分流上班、異地辦公，方能有效防堵疫情擴散，故在縣府就民眾洽公交通便利性及辦公軟硬體設備建置之即時性等面向進行通盤考量後，擇定金城體育館桌球室、飛輪教室及會議室作為縣府民政處、財政處、教育處、行政處、人事處、主計處及政風處等7處異地辦公地點。
另外，社會處為社會福利館、工務處為自來水廠、建設處為金城鎮公所五樓及觀光處擇定同安渡頭展示館與民防坑道出口作為異地辦公地點。各機關均已完成佈署，相關硬體及網路設備均已建置完成，為使啟動實施異地辦公後運作無虞，並多次辦理實地演練。
楊鎮浯縣長當時還特別強調，只要金門地區出現一個新冠肺炎的確診病例，縣府及所屬機關即立刻啟動異地辦公，一旦啟動後，也會將所有的訊息，包含什麼樣的業務會分配到什麼地方與場館等等，公告給鄉親瞭解。
天祐金門，縣府堅守了兩年零確診，所以很多單位雖然都佈署異動辦公場所，並完成多次演練，但多無用武之地，只是備而未用，今年3月30日縣衛生局接獲彰化縣衛生局轉介1名居家隔離者，衛生局立即依中央規定進行疫情調查，將該名26歲男性的居家隔離者送到部立金門醫院進行PCR採檢，當日晚間檢驗結果出爐，判定為確診個案首例。
之後確診人數逐日增加，累積至5月1日為止，確診已有80例，居家隔離398人，收治中的有48例，大部分均屬輕症或無症狀者，疫情持續維持穩定可控；雖然本縣尚屬低風險縣巿，但為了廣大鄉親著想需以高規格來對待，目前縣府先啟動異地辦公，並展開調查各單位設備是否符合要求，再進行居家辦公。
分流辦公已是大勢所趨，去年五月中央疫情指揮中心宣布進入三級警戒，全國就有不少企業進行居家辦公，以減少外出及感染風險；縣府這一波有鑑於確診人數有上升趨勢，啟動居家辦公及異地辦公雙軌制，目的就是為了確保縣務正常運作，希望各單位減少員工感染風險，順利度過這波疫情危機。