每年來自對岸大陸估約5、6百公噸以上，2004年甚至高達1000公噸的海漂垃圾，造成金門海岸嚴重汙染，不但大、小金門島容顏失色，連大、二擔等沿線離島也遍布各種廢棄物，百餘公里海岸線美景受盡摧殘，被鄉親指為「垃圾小三通」。縣環保局和金門國家公園管理處、台電常年與各鄉鎮公所舉辦淨灘活動，但治標不治本，成果十分有限。
從地理環境的角度觀察，坐落於九龍江口，孤懸海上的金門，夏日有西南季風，冬天有東北季風，垃圾隨著洋流鼓浪來到，其中以來自大陸最多，但也有漂洋過海的國外物品，從各種瓶瓶罐罐到針筒、冰箱、桌椅、廟柱、匾額、塑膠成人情趣用品、人形模特，垃圾大軍蜂擁來襲，亂七八糟應有盡有。
尤其是幾次強颱侵襲大陸沿海，更曾經在兩岸通水的田浦海岸和田墩一帶，發現從對岸漂來的棺材，讓岸巡機動站幹員飽受驚嚇，還好清除大量淤沙後，確認只是廢棄空棺木，虛驚一場！
這些隨波逐流來到的垃圾，不但嚴重汙染海岸環境，也對海洋生態帶來強大衝擊，其中包括大量入海的塑膠袋，易被海龜誤認為「水母」吞食，魚網也會纏繞海龜和同屬保育類的鯨豚致死。這可從多次發現遭魚網五花大綁，或為掙脫魚網遍體鱗傷，最後魂斷岸邊的海洋生物，聽到因為人類傷害大自然，一直奏不停的海洋悲歌。
2015年4月，監委包宗和、王美玉、江綺雯等人赴金馬地方巡察，申請自動調查相關問題，重點包括對漁業發展與地區景觀的影響，以及地方政府在處理上的困難？中央機關應該如何協助地方政府，乃至於透過兩岸協商機制解決的可能性，讓這項地方事務「升格」為兩岸協商議題，取得一個好的開端。
其後，時任環保局長傅豫東還提出將大陸海漂垃圾連同金門日產約30噸的生活垃圾一起透過「垃圾船」運往廈門代燒，為遠送高雄焚燒的金門垃圾，找尋另一條可行「出路」的構想。
2017年12月中旬，經過兩岸長期協商溝通後，在縣長陳福海親自督導下，首度由「小三通」船隻將廈門因採砂進行翔安國際機場新建工程，連年自對岸相繼漂來，嚴重影響航安的220具抽砂浮筒載回對岸處理，為兩岸合作清理「海漂物」，走出具象徵性的第一步。
縣府專案團隊也由參議翁自保偕縣環保局長呂清富、場長蔡源銘、縣府大陸事務科長蔡百里等人，另行搭乘「小三通」客船赴廈門劉五店海翔碼頭，實地掌握浮筒清運作業情況，共同見證兩岸交流歷史性的第1次。
楊鎮浯縣長接手主政後，原擬進一步擴大落實執行，但因連3年疫情緊張，加上兩岸關係不佳，而中斷正常交流往來，讓相關協議也隨之戛然而止。如今，重啟「小三通」聲音再起，陳福海也與立委陳玉珍等人赴對岸協商，為未來如何加緊處理海漂垃圾問題，開啟另一個新契機。在環境維護和永續利用的大方向下，一水之隔的兩岸應共同面對和努力才對。