行政院通過於1月7日至2月6日間實施小三通第1階段復航，為此，內政部、衛福部、陸委會、金門縣政府等長官接續抵金視察復航相關整備工作，甫上任的陳縣長更請相關單位強化環境年節布置，讓鄉親能感受到回家過年的溫暖。
小三通復航最大的考驗，在於能否在有限的醫療條件下，兼顧人道需求及國人往返便利，合理性的管控疫情發展，確保國人健康及社會安全。事實上，不僅台灣如此，隨著中國大陸解禁公民出境旅遊，不少國家開始擔心在中國大陸依然延燒的新冠疫情，會因此衝擊到本國的疫病管控，因此，包括台灣在內的許多國家，陸續重啟入境管制和強制篩檢措施。根據媒體報導，作為陸客旅遊重要目的地之一的南韓，2日開始要求所有來自中國大陸的旅客，新政策上路第一天，718名中國大陸入境旅客，目前已有106人結果出爐，13人呈現陽性、其餘皆是陰性，由於篩檢報告需要等待結果，不少旅客被要求在機場等候室停留，最久可能長達6小時；受影響的不只有大陸籍遊客，許多在北京、上海韓國企業任職的南韓公民，同樣也受到新政策影響，不免抱怨連連。而台灣元旦首日中國入境旅客採檢的結果，陽性率高達27.8%；根據中央流行疫情指揮中心的說法，相關基因定序還要送到外部公司進行檢測，最快6日才會有結果。
韓國政府公告，從1月2日開始、所有從中國大陸入境的短期旅遊者，不只要在入境時提交48小時內的PCR檢驗報告或24小時內的快篩陰性證明；抵達機場時也必須接受再次篩檢，等待結果後才確定能否入境。這樣的規定和台灣目前針對自中國大陸地區入境的規定相似，這也代表韓國會遇到的問題，台灣一樣會遇到，初期或許因為航班、船班還不是太多，尚足以應對，但要讓金門鄉親及兩岸交流可望漸漸回到正軌，接續還必須進行滾動式的檢討，並在實踐中找到更好的方法才是，而其中最重要的工作之一，便是負責旅客通關任務的CIQS，必須妥善好相應的整備工作，防患於未然，方能克竟全功。這自然也是中央及地方長官密集視察及指導CIQS及配合單位整備工作的主因，畢竟只有在檢疫及海關等友軍單位保持密切配合，並確實有效堵控疫情的前提下，小三通常態化、國境出入正常化才能付諸實現。
事實上，對於中國大陸解封國境，多數國家雖表示會嚴陣以待，但至今仍沒能針對中國疫情蔓延採取共同應對措施。例如：義大利呼籲歐盟採取該國做法，對來自中國的旅客進行檢測，但其他成員國認為，除非大批旅客湧現導致新一波的傳染，否則無需這麼做；至於法國、西班牙則宣佈採取獨立措施，對來自中國的旅客實施更嚴厲的檢疫措施。這種莫衷一是的檢疫管控，恐怕也要等相關檢疫措施實施一陣子後，才會有初步的定論；在此之前，只能先守好自己的「一畝三分地」；此次春節復航專案只適用於金馬地區民眾、陸生、陸籍配偶等對象，並有名額及航次的限制，在有限的條件下，只有先做好了眼前的工作，才有餘裕及條件再論其他。
軍隊中經常說：「首戰用我，用我必勝！」面對小三通復航，同樣要有這樣的決心與自信；周全復航部署、周嚴防疫管控，才能讓金門成為穩定全國民心的重要力量。