金門沿岸海域由於過去戒嚴禁海時期，保有良好的漁業資源，但因民國81年解嚴後，對岸大陸漁民來金門海域進行違法過界捕撈，甚至出現毒魚、炸魚等破壞生態之違法行為，雖在海巡同仁積極取締之下，扣押其漁船，但因人數眾多且防不勝防，往往無法有效箝制，導致棲地改變也促使漁獲物銳減，使得金門漁業逐漸衰退；再加上近年來金門附近海域與潮間帶物種被大量食用或觀賞、過度捕撈，更影響生物棲所環境破壞，漁業資源面臨枯竭困境。
為增裕金門沿海漁業資源，復育海洋生態，金門縣政府與金湖鎮、金沙鎮、金寧鄉公所及金門區漁會共同聯合舉辦金門地區海域魚苗放流活動，分批由漁船載運至金湖、金沙、金寧等各海域施行放流特有生物如梭子蟹科、經濟貝類、鱸科、馬（魚犮）科、石斑魚及鯛科魚類等各項經濟魚類，共同為增進地方繁榮及保護海洋生態環境一起努力，以漁業養殖或特有資源方式，並透過保種、繁殖、育苗、放流及養殖等方法，以增廣漁業資源，推動生態教育與保育宣導，加強資源保護觀念，防止海洋資源枯竭，促進漁業環境永續經營，同時結合休閒觀光發展，增加漁民漁獲量，提高收益，避免衝擊地區市場價格，促使漁民可以增加就業機會，讓本縣漁民有意識保育漁場，團結捍衛維護自身漁權，以有效保護金門沿岸海洋漁業資源及生態環境品質。
金門沿岸海域恰逢九龍江出海口，並鄰近泉州、廈門之工業區電鍍廠、沿海漁業養殖場，其家庭民生及工業廢水或養殖殘留物排入至江海之中，並隨著沿岸海流攜帶至金門一帶海域，導致金門沿海常有重金屬或營養鹽超標之現象，除了使海域內藻類有大量增生產生藻華，其海域生物體或養殖水產品，因生物鏈傳遞關係，生態系初級及次級消費者進行濾食或捕食有生物累積的現象，導致最終會影響到人類健康。有鑑於2018年曾在福建泉港區發生東港石油化工公司在裝卸作業時之69.1噸裂解碳九外洩重大汙染事件，本縣沿近海域也有對岸漁船過界捕撈，導致觸礁漏油現象也時有所聞，因此對金門沿海的水質及礦物油進行監測，以保障本縣的未上市養殖水產品，符合我國水產品食品中污染物質及毒素衛生標準規範，以保障鄉親及觀光旅客之食安健康，提高民眾對本縣水產品食安信任及保障。
金門水試所近年來針對金門海域透過漁業資源調查，於海況許可的月份狀況下，使用試驗船對沿近海佈設十八個測站點，對周邊水域的生物族群結構進行分析，並透過統一的實驗方式佈設刺網，進行長期監測，對於漁獲進行分析，透過物種的分布狀況，來制定區域放流的最佳場域及成效評估，針對海域內的經濟魚種統計，並持續收集資料，以建立本縣之漁業資料庫，以利漁政單位進行相關實施政策上參考之依據。
此外，水試所更配合海巡同仁於金門海域進行漁業巡護執法沒入過界漁網具，並透過委託專業單位進行覆網清除，使過界捕撈佈設之刺網、蛇籠、蟹籠、延繩釣、鰻苗網、定置網等網具及相關器具進行清除，視狀況對纏繞在礁石上的覆網進行清除，以期可以透過漁場的環境管理，促使棲地能漸漸回復，再配合放流之經濟魚種，營造成良好環境，使海洋生物資源能夠再生補充，使漁業能夠永續利用。