宗祠，俗稱為「祖厝」或「祠堂」，為後裔奉祀其祖先神位之宮室。其起源甚早，自商、周時代，即已有之。《尚書·太甲篇》曰：「社稷宗廟，罔不祇肅。」《易經·震卦》云：「出可守宗廟社稷，以為祭祖也。」《禮記·曲禮下》曰：「君子將營宮室、宗廟為先，廄(音究)庫次之，居室為後。」古者自天子以至於士，皆有宗廟，以祀其祖先。《禮記·王制篇》載：「天子七廟，三昭、三穆與大祖之廟而七。諸侯五廟，二昭、二穆與大祖之廟而五。大夫三廟，一昭、一穆與大祖之廟而三。士一廟。庶人祭於寢。」其所謂「昭穆」也，乃以始祖為大祖，二世為昭，三世為穆，四世為昭，五世為穆，六世為昭，七世為穆(後世可以依此類推)。左昭向陽，取明顯之意，右穆向陰，取深遠之意。左昭右穆，乃所以別父子、子孫、長幼、親疏之序也。庶人原不可營建宗廟，但後來無此限制，多建於宗族聚居之近地，歲時由族長率族中人共同致祭，而稱為「家廟」或「宗祠」。在昔君主時代，對於宗廟之規格間隔，須按官職品級規制，據《清朝通禮》載：「官品家廟，立於居室之東，三品以上，廟五間，中三間為堂，左右各一間，隔以壁，北為夾室，南為房，庭東西廡各三間。四品至七品，廟三間，中為堂，左右為夾室、為房，東西廡各一間。八品以下，廟三間，左右有房，無夾室，又無東西廡。」金門民間宗祠，有三進、二進、一進，間隔大多符合規制。
宗祠，除作為供奉祖先神位之外，亦為一族內之公共活動中心。歲時忌辰，伏臘拜祭，祖宗歆祀於上，子孫享禮於下，敦倫理，序昭穆，別尊卑，老少咸集，長幼有序，濟濟一堂，談祖先之歷史，敘天倫之樂事。祭餘聚餐，儼然如古時鄉飲酒之義，不但是合祭亡者，亦所以聚合生者。平時則為族中議事及休閒場所之用。且以前多供作鄉塾書房，兼負教育子弟之責，故皆於祠堂之左廳奉祀文昌帝君之神也。
吾族聚居本鄉，雖歷經明嘉靖間(一五二二 ─一五六六)，倭寇之亂，以及清初遷界之難，宗族離散，然嗣後皆能散而復聚，至清康熙中，宗族復盛。最初興建宗祠者，為二世二房(雄房)，繼為二世長房，至乾隆時，方建始祖家廟。咸豐、同治以後，各房又陸續興建宗祠。茲略紀如次：
（一）、李氏家廟：在南山東界，今編為南山9之1號。建於清乾隆十三年戊辰(公元一七四八年)，崇祀古寧李氏開基始祖應祥公暨妣張氏孺人，上追崇至浦園開基始祖君選公、御史祖容公、六世二房敬齋公、給事祖獻可公妣，下祀至古寧各房列祖考妣，以及仕宦或有功於鄉里者。
初因祖廟規模欲大，籌款需時，又因廟址審擇未定，以致遷延，後經堪輿家擇定始祖應祥公卜居之所(亦即吾族之發祥地)，謂此乃迴龍鍾秀，龍脈駐結之處，有「進前三宰相，退後萬人丁」之讖，若照現在規劃定點，再進前三尺而建，將來能出三位宰相。但族人都認為三宰相不過是一時之榮，莫若萬人丁之永久興旺為愈，故採取後者。
原廟方位坐坤向艮兼申寅，分金丙申、丙寅，前臨內港(今雙鯉湖)，後負南山，高敞堂皇，為十七架二進宮殿式，其前堂正面之門框、大楣、壁柱、墻堵、基礎，純用泉州白石。牴牾窗櫺、石鼓、弔筒、簷牙獅座等，悉為泉州青石，雕琢精美，除門扇外，謂之「不見木」。後殿、前堂及兩廡之棟、梁、椽、桷，皆採百年以上之福州杉木，山節藻梲，丹青漆繪，均甚精緻，屋蓋為重簷覆蓋式，廟貌莊嚴壯麗，美觀大方。最奇者為天井，其地板皆為花崗石鋪築，夏、秋之間，夜露湛湛而不霑濕(僅東南角一小部份有露水)，是何原理，殊不可解。又故老相傳：廟址因地脈大旺，盤蔚不發，故特於東邊巷間及西邊庭前，各開鑿一井，以通透靈氣。或云：東邊巷間之井，乃明代古井，非祖廟建後所鑿者也。廟廷前方舊有旗杆一對，係清泉州李國佐(原籍南進人)於光緒廿八年壬寅(公元一九○二年)恩科中式舉人時，回原籍古寧祭祖所豎，民國六年丁巳(公元一九一七年)七月廿六日，被颱風摧折，今尚留旗杆座一蹟。
始祖廟自民國二年癸丑(公元一九一三年)，古寧小學創辦時，即為學校教室，保存良好。不幸於四十七年戊戌(公元一九五八年)「八二三砲戰」之役，被砲火摧毀，夷為平地，乃將祖先神主暫移北山四公祖祠前堂奉置。六十八年己未(公元一九七九年)以後，烽火告停，民生亦逐漸安定，鄉里有識之士，鑒於家鄉屢遭兵燹，災情慘重，南山、林厝二村，到處斷垣殘壁，滿目瘡痍，居民外徙，人煙稀少，幾欲成廢墟。緬懷祖先開基創業，垂統至今將近陸百年，豈忍任其頹廢湮沒而不顧，乃發起重整家鄉運動，內外宗親聞訊，無不熱烈響應，見義勇為，出錢出力，於是即先於七十二年癸亥(公元一九八三年)，修建雙鯉古地之關帝廟及岸邊之水尾塔。七十三年，著手重建大宗祖廟，歷時一年而告竣。祖廟重光，美輪美奐。八十三年甲戌(公元一九九四年)，適逢四字大利，乃涓吉於葭月十八日，舉行奠安慶成。事前將大祖廟列祖列宗神主，復自長房二世宗祠迎回原位。又蒙總統登輝大宗長題賜「本固枝榮」、副總統元簇宗長題賜「皋陶世澤」、中央研究院院長遠哲宗長題賜「桂馥蘭薰」、陸軍總司令楨林宗長題賜「祖德流芳」等匾額，連同重刻祖先原有牌匾，以及前任金門政委會祕書長瑞華宗長獻匾，前任金門縣縣長清正宗長(本鄉南山奇房人)立匾，暨世界李氏宗親總會、財團法人臺灣李氏宗祠、臺北市李氏宗親會等賀匾，共十八面，為祖先增光輝，為宗族增光榮。
先於葭月十六日上午九時，舉行迎匾遊行，由奠安委員會主任委員炎改宗長領隊，陣容肅穆，隊伍整齊，鳴鼓開道，自金城鎮西門民權路出發，經莒光路、民族路，至東門外圓環乘車，往金湖鎮新市里市區，遊繞一匝，再驅車前往金沙鎮汶沙里遊行，然後坐車返鄉，抬匾至祖廟，歷經三小時半之久，所經之處，萬眾觀匾，鞭炮之聲不絕於耳，備極熱鬧。下午升匾，其位置次序為：龕前屏門大楣正中，懸掛浦園始祖君選公之「明經發祥」匾，大堂後部大楣，左為御史祖庸公之「豸冠勁節」匾，右為給事祖獻可公之「忠諫名臣」匾。左邊大棟(俗稱大通)，為清廣東水師提督光顯公之「海邦著績」匾，右邊大棟，為清雷瓊水陸都督耀先公之「御試三冠」匾。文昌廳楣上，為清光緒卅年甲辰(公元一九○四年)，恩科進士景銘公(原籍南進人)之「進士」匾，福德廳楣上，為清光緒廿八年壬寅(公元一九○二年)，恩科舉人國佐公之「亞魁」匾。均於奠安時，重新刻製懸掛之。殿堂前部大楣正中及左右，懸掛今總統登輝、副總統元簇、中研院院長遠哲三大宗長題匾。文昌廳前部大楣懸掛陸軍總司令楨林宗長獻匾，福德廳前部大楣懸掛前政委會祕書長瑞華宗長獻匾。殿堂左棟前方懸掛前任縣長清正宗長立匾。另世界李氏宗親總會、財團法人臺灣李氏宗祠、臺北市李氏宗親會，及姻親金門縣張氏宗親會，中華民國龍岡義親會金門分會等賀匾，分掛於大堂東西兩壁之上。各界賀幛百餘幀，懸掛盈庭。廟堂煥彩，棟宇生輝，既宏觀而大起，亦增飾以崇隆也。
奠安慶典連續三天及開廟門一天，四方來賀，貴客盈庭，地方首長上至金防部司令官、副司令官、參謀長、金門縣長、議會議長、中央駐金單位，各率所屬及各界人士，蒞臨慶賀獻祭。尤以世界李氏宗親總會偕同臺灣李氏宗親會慶賀團二百餘人，光臨獻祝，誠為難得。祖妣娘家張氏宗親會、龍岡義親會，本宗山西、山前、官澳、後浦等處宗親之慶賀團，陣容浩大，登堂致賀敬獻，典禮隆重，喜氣洋溢，可謂盛況空前。
（二）、二世長房宗祠：祠在北山東界墩仔埕(今名新興角)，今編為北山44號，座北朝南。崇祀二世長房以舜公暨祖妣蔡氏孺人，上追崇浦園始祖君選公、御史祖容公、敬齋公、給事祖獻可公、古寧始祖應祥公，二世祖長房以舜公、並祀二房以敬公、三房以忠公與順房先祖等四座主牌，下祀派下奇、振(進)、主、合房祖至五世列祖考妣神位。建於清康熙五十二年癸巳(公元一七一三年)。先是祠址之後，有吳姓富戶，以航海起家，財雄勢大，每當我動工興建，輒橫加阻撓，甚至拆我垣墻，毀我磚瓦，族人亦無可奈何。遷延數載，至是年，適安溪相國李光地(安溪湖頭人)給假回鄉，族老乃前往請教，光地給與「文淵閣大學士」官銜燈籠一對，歸而豎於建地，吳姓遂不敢再擋，因而順利完成。
廟堂坐甲向庚兼卯酉，水放丁入口，庚出口，後改坤出口，祠為十五架二進宮殿式建築，規模僅次於大祖家廟。民國九年庚申(公元一九二○年)，經重修奠安。自民國六年丁巳(公元一九一七年)，即為古寧小學校本部。至卅八年，古寧頭戰役，被當地駐軍拆去作築堡壘材料，僅存前廳，放置祖先神主。四十七年「八二三砲戰」之役，大祖家廟被砲火擊毀，廟內神主乃暫移奉於此，歲時祭祀，供桌排放祠前露天之處，風雨時，諸多不便。五十六年丁未(公元一九六七年)春，有旅居南洋鄉僑返里見之，族人乃與共商重建之舉，得海外各地僑親踴躍捐貲，於五八年重建落成，五十九年庚戌(公元一九七○年)，適逢大利，特舉行奠安大吉，祖妣外家瓊林等村蔡氏族人二百餘人，賁臨慶賀祝獻。山西、山前、官澳、後浦、烈嶼等處宗親數百人，齊來祝賀敬拜。金防部參謀長家馴宗長、金門縣縣長閻修篆暨地方各界首長均蒞臨拜賀，慶典隆重，合族歡騰。（上）