祠中懸掛牌匾：大堂龕前大楣正中為浦園始祖君選公之「明經發祥」。東邊大棟內為御史祖容公「豸冠勁節」，外為清廣東水師提督光顯公之「海邦著績」。西邊大棟內為給事祖獻可公之「忠諫名臣」，外為清雷瓊水陸都督耀先公之「御試三冠」。文昌廳門上為清光緒甲辰恩科進士景銘公之「進士」，福德廳門上為清光緒壬寅恩科舉人國佐公之「亞魁」。堂前大楣中為前金防部司令官家馴宗長敬獻「祖德流芳」之匾。
（三）、雄房宗祠：在北山後殿角，今編為北山69號，座北朝南。奉祀二世房祖以敬公暨妣翁氏、張氏孺人，上追崇浦園始祖君選公、御史祖容公、敬齋公、給事祖獻可公、古寧始祖應祥公，下祀其歷代列祖考妣。始建於明神宗萬曆年間(一五七三～一六一九)，為吾鄉最先建之家廟，蓋因我族經明代倭寇之禍及清初遷界之難，亂後歸來復聚，當時有術者謂：「鄉里不建宗祠，則宗族如無根浮萍，隨水漂流，焉能永久凝聚於此？」故率先興建。堂中奉祀始祖應祥公原有正主，是以至今每年冬至祭祖，雄房宗祠可自行先祭，無須待大祖廟祭後舉行也。
祠為十三架二進宮殿式，清康熙四十五年丙戌(公元一七○六年)，重修。民國卅六年丁亥(公元一九四七年)，又重修，並舉行奠安。四十七年「八二三砲戰」，遭砲擊損壞。五十九年庚戌(公元一九七○年)，略為修葺，七十一年壬戌(公元一九八二年)，再行重修，並隆重舉行奠安慶典，其祖妣盤山翁氏宗親數百人，具牲禮賁臨慶賀拜獻，金門縣長及地方各單位首長均蒞臨拜賀，外鄉各地宗親及本鄉各房族親，亦各備禮席奉獻，慶典完滿達成。九十五年丙戌(公元二○○六年)四月十一日，籌集募款，金額新台幣捌佰餘萬元，隨即動工興建。九十七年戊子(公元二○○八年)，再逢大利，於菊月廿五日、連廿六日及廿八日，特又舉行奠安慶典，荷蒙各界高軒賁臨，場面盛況空前。
本宗祠，曾於民國四十多年期間，充當古寧國小之校舍，前、後廳各設低年級一班，共有百餘名學生授課。
祠內懸掛牌匾：龕前大楣為浦園始祖君選公之「明經發祥」，左大棟內為御史祖容公之「豸冠勁節」，外為明廣東惠州通衢巡簡章輝公之「秉衡維正」。右大棟內為給事祖獻可公之「忠諫名臣」，外為清江南采石磯遊擊行京將軍維烈公之「大江砥砫」。
（四）、興房宗祠：在長房以舜公祖祠前東邊古井腳，座北朝南，奉祀二世三房以忠公暨妣黃氏孺人，上追奉浦園始祖君選公、御史祖容公、給事祖獻可公及古寧始祖應祥公，下祀其歷代列祖考妣。祠建於清朝中葉年間(確切時間未詳)。
祠為十一架一進圍墻祠堂(無前廳及兩廡)。民國卅八年戰役，被駐軍拆取材料建築工事而廢，廟堂未留一磚一瓦。民國六十二年癸丑(公元一九七三年)，派下裔孫倡議重建，迄六十九年庚申(公元一九八○年)，籌足建費，七十年，興建告竣。
興房人丁不旺，其裔孫仍能克服一切困難，群策群力，一心一德，興建祖廟，使祖靈式憑有所，誠屬難能可貴。 祠內牌匾：龕前大楣僅懸掛浦園始祖君選公之「明經發祥」一方。
（五）、順房宗祠：在北山後角落，座北朝南，建於清道光年間(一八二一～一八五○)。為十三架一進圍墻式祠堂，無前廳與兩廡。奉祀其小嶝始祖煌遠公(諱乃育，字煌遠，稱驛路，別號二十郎，致政公七子)暨妣邱(丘)氏孺人、二世祖以喜公(孫助，諱熾，字佳景，煌遠公長子)暨妣伍氏孺人、三世祖仕宗公(顯宗，孫助公次子，住西山前)暨妣柳氏孺人，四世祖廣意公(諱思意，字仙質，號錦江，顯宗公三子)暨妣陳氏孺人，五世祖開陽公(諱標鳳，仙質公三子)暨妣林氏孺人，六世祖文茂公暨妣○氏孺人、至分居古寧之七世祖漢奏公(即子襄，諱寅，字鼎宸，文茂公四子)暨妣吳氏孺人，下祀其歷代列祖考妣神位。民國卅八年，古寧頭戰役後，被駐軍徵用材料拆毀。七十二年癸亥(公元一九八三年)春，派下裔孫鳩貲重建，翌年十一月，舉行奠安，古寧各房宗親無分畛域，動員協助，山西、山前等宗親亦來致敬，地方各界首長均蒞臨慶賀，備極熱鬧。
祠內牌匾：僅懸掛其派下裔孫所恭獻，而立於神龕上方之「明德惟馨」，懸掛於排山架大樑上方，由輔仁大學博士李增所立之「博士」，以及古寧李氏宗親會敬獻之「同氣連枝」等匾額。其實堂上應懸掛其山前宗祠祖先之匾為宜。
（六）、奇房宗祠：在林厝觀音山麓(今古寧頭大門外，林厝砲兵陣地內)，今編為林厝50之5號。原為十三架一進圍墻式祠堂。奉祀三世長房祖仕明公暨妣楊氏孺人，上追崇御史祖容公、敬齋公、古寧始祖應祥公、長房二世祖以舜公，下祀其歷代列祖考妣神位。祠建於清同治四年乙丑(公元一八六五年)『北山奇房榮勵宗長提供』。民國卅八年，古寧頭戰役後，被駐軍取用材料連基拆去，又於該處為營盤地區，不許民眾進入，後又改為砲兵陣地迄今。奇房族系最大，分居南、北山，林厝，號為「三奇」，人才鼎盛，久欲重建祖祠，奈因陣地未撤，幾經交涉無效，故尚未能興建。後來，經其派下裔孫鍥而不捨努力之下，時機成熟，終獲政府同意，准予興建，於民國九十六年丁亥(公元二○○七年)二月，動工重建，由該房北奇清海宗長經營「建華營造廠」負責承造，於是年十二月，竣工。將於九十八年己丑(公元二○○九年)十月十四日，舉行奠安慶成。
（七）、進房宗祠：原房號為「振房」，因清光緒卅年甲辰(公元一九○四年)，派下裔孫景銘公，舉恩科會試中式百十九名殿試二甲百零九名進士，回鄉豎匾，故鄉人改稱「進房」。祠在南山西界，座南朝北，為大十三架二進宮殿式，建於同治六年丁卯(公元一八六七年)。奉祀三世二房祖仕昭公暨妣張氏孺人，上追崇御史祖容公、敬齋公、古寧始祖應祥公、長房二世祖以舜公，下及歷代列祖考妣諸神位。民國四十七年「八二三砲戰」，被砲火擊毀，僅存後堂一楹。七十三年甲子(公元一九八四年)，派下裔孫鳩貲重建，八十三年甲戌(公元一九九四年)，歲值大利，擇吉於葭月初十日，舉行奠安慶典。金門地方各界首長及所屬單位，祖妣娘家金門張氏宗親會，龍岡義親會，山西、山前、官澳各村宗親等慶賀團，先後惠臨拜賀敬獻，典禮盛大而隆重(與大祖廟奠安同)，全鄉宗親總動員協助，和諧團結精神，外賓見之，稱讚不已。
祠中懸掛牌匾：中門門楣上方懸掛「李氏三世二房宗祠」。堂中大楣為浦園始祖君選公之「明經發祥」。左大棟為御史祖容公之「豸冠勁節」，右大棟為給事祖獻可公之「忠諫名臣」。文昌廳門上為清光緒甲辰恩科進士景銘公之「進士」，福德廳門上為清光緒壬寅恩科舉人國佐公之「亞魁」。堂前大楣為民國八十三年奠安時，總統登輝大宗長賜之「本固枝榮」匾額。
祠前原有族人國佐公考中舉人時，豎立之旗杆一對，民國六年丁巳(公元一九一七年)七月廿六日，被颱風吹倒一枝，剩餘一枝，為金門僅存之旗杆，至卅八年古寧頭戰役後，被駐軍砍去作築工事材料，基座石料亦被拆去。
（八）、南奇宗祠：在南山大祖廟西邊，座南朝北，建於清同治年間(一八六二～一八七四)。民國十九年庚午(公元一九三○年)，擴建前楹，為十三架二進式祠堂，內祀其自林厝分居南山之七世甫昌公，故稱「西林派」。上追奉古寧始祖應祥公、長房二世祖以舜公、三世長房祖仕明公、四世德餘公等，下及其歷代列祖考妣神位。四十七年「八二三砲戰」時，被砲火摧毀。七十三年甲子(公元一九八四年)，派下裔孫鳩貲重建，並舉行奠安慶典。
祠中牌匾：初懸掛大門上方之「李氏西林派宗祠」及「明經發祥」。民國八十三年，始增加「豸冠勁節」及「忠諫名臣」兩面匾額。
（九）、南進西柱宗祠：在南山西角境頂園仔腳，位於今南山78之1號（即南進頂柱森評公、森浮公故宅）正後面之空地。清咸豐四年甲寅（公元一八五四年）建，原為十一架一進祠堂。內祀三世二房祖仕昭公、四世德俊公、五世存溫公，以至九世均愛公，下及歷代列祖考妣神位。以忌辰十一月十二日，派下子孫輪值當祭。民國六年丁巳(公元一九一七年)七月廿六日，受颱風摧圮，迄今未再重建，遺址尚存。
（十）、主房宗祠：在北山西井角後園頂，今編為北山173號，座北朝南。為十三架二進式祠堂，內祀主房仕顯公暨其裔孫。民國八五年丙子(公元一九九六年)，南、北主房宗親開始籌建，石料均向大陸採購雕琢，以泉州白青斗石構成，石柱已先刻製楹聯，九十年辛巳(公元二○○一年)，奠安落成，廟貌鼎新，富麗堂皇。（下）