第二梯隊是師部及直屬部隊，師長鄭果將軍說：「九月三日－抗戰勝利紀念日，乘京盛輪及登陸艇等出發航向金門，……師（欠六○三團）於九月六日，在金門料羅灣登陸。」另外，六○一團舊屬丁宗裕，在《古寧頭大捷三十週年紀念特刊》的〈古寧頭大捷三十週年憶往〉，詳細描寫船運及登陸的過程：「九三軍人節那天，在萬民歡騰的氣氛中，各部隊整裝出發到高雄港三號碼頭，然後登上停泊在海港龐大的『京盛輪』，晚上八點鐘，船哨大聲響起，……接著，船起碇了，便乘風破浪的直往金門方向駛去。夜航十多個小時，船駛到了廈門港，……約在下午兩點鐘，我們又換船轉乘中字第一一二號登陸艇，乘午夜十二時漲潮的時間，船起航向金門行駛，翌晨早上五時許，在料羅灣登陸。」九月三日從高雄港啟航，為何九月六日才到達金門？除了配合潮水外，因為不是直航金門，而是先到廈門並停留一段時間後，再前往金門，所以經過了三、四天的時間，才到目的地。
第三梯隊是六○二團，六○一團丁宗裕士官說：「六○二團於九月七日抵達（金門）」，但六○二團舊屬的回憶錄有不同的說法。六○二團二營重兵器連上尉連長范耀庭，在《古寧頭大捷四十週年紀念文集》的〈讓古寧頭的光輝永耀歷史〉，談到：「是（三十八）年九月三日由高雄搭載發航，於翌日下午四時駛達金門新頭下船登陸。」另外，六○二團二營五連李溶上兵，在《古寧頭戰役參戰官兵口述歷史》的〈堅守灘頭心無畏〉，敘及：「民國三十八年九月三日乘登陸艇從高雄港出發，先到廈門港停留一夜，部隊不下船。那時的戰區司令官就是湯恩伯將軍，他目睹廈門情勢危急，因此下達命令，要我部隊官兵立即轉往金門。九月四日早上約九點鐘，我們就乘原船直達金門，下船後部隊駐在新頭。」
六○二團兩位前輩都屬第二營，其出發、登陸時間說法一致，皆言九月三日與師部同時間發航，九月四日到達金門。筆者早期去臺灣、返金門大部分都是搭乘海軍登陸艇（俗稱開口笑），依經驗判斷，潮水是關鍵，因退潮時不能搶灘，所以要在一天的時間，從高雄港出發，經廈門港停留一個晚上，然後再登陸金門，確有其困難度，除非從高雄直航金門，才有可能一日完成。因此，研判六○二團與師部同時（九月六日）抵達，或是先讓師部登陸完畢後，隔日（九月七日）才上岸。
六○三團未移防金門之因
當時一個師的編制有三個團，為何六○三團未隨師主力駐守金門，這是研究古寧頭戰史者常質疑的問題，其實並無多大的複雜因素，只是在師部依令前往金門之前，該團奉命參加福州馬尾作戰，返臺後，因戰力受損，留在高雄鳳山整訓，所以未隨師部移防金門。
三十八年七月，共軍犯閩，福州情勢危險。許逖所寫《百戰軍魂孫立人將軍（下）》，提到：「民國三十八年福州軍情告急，福州綏靖公署（代）主任湯恩伯將軍，向（孫立人）將軍（按：三十六年七月任陸軍訓練司令部司令）求援。當時將軍即在有限的兵力中，抽調二○一師一個加強團（按：六○三團），與一個砲兵連開赴馬尾。」
三十八年秋，大陸局勢逆轉，共軍由浙、贛入閩，我為控制閩海港口，七月上旬，六○三團奉令配屬砲三團一營，駐守馬尾。七月十五日，由副師長閔銘厚將軍率領，船運至福州，受福州綏靖公署及第六軍團指揮。八月七日，該團奉命接替馬尾地區防務，十一日到達後，完成陣地編組，並加強防禦工事。十四日起與共軍激戰，鏖戰兩晝夜，十六日下午四時許，因傷亡慘重奉令轉進，乘海軍一一三號登陸艇撤離，十七日到廈門，九月四日返臺整訓。六○三團到達高雄鳳山時，師主力已分於八月三十一日、九月三日啟航到金門，再加上團需整補戰力。因此，無法隨師部移駐金門。
駐地變動概況
二○一師進駐金門後，配屬二十二兵團。九月九日上午，福州綏靖公署代主任湯恩伯上將與二十二兵團司令官李良榮中將到師部（湖前）視導，並指示該師擔任兵團所轄二十五軍的機動打擊部隊，師長鄭果將軍記得其所屬「分駐太武山附近之山外、湖前、瓊林地區。」
部隊登陸之後，六○一團李志鵬班長憶述駐地的變動情形：「上岸以後，部隊整理完畢。又直開瓊林。……在瓊林住了幾天，我們又移防官澳。……在官澳駐防不久，我連又奉到命令移防至下蘭。……十月十日之前，我們奉令守太武山。……（十月十日）當晚吃過晚飯以後，就連夜移防到安岐海濱，防區又改變了。」為何十月十日「防區又改變了」？因為當日晚上九時，二○一師奉二十五軍的命令移防西半島，擔任瓊林亙古寧頭到埔邊地區之防務（按：師長鄭果將軍在《明恥教戰》註明「後奉上級電話改為湖下」），師部則位於下堡、頂堡間。
胡璉將軍的《泛述古寧頭之戰》第六章第一節「金門友軍狀況」，記載：「兩團之二○一師，乃係青年軍，此時實力約為五千人，防守瓊林至古寧頭之線。」詳細的位置，古寧頭戰史專家李福井，在金門村史《古寧頭、李花開》，寫道：「青年軍二○一師部署后沙、湖尾、嚨口、安岐、古寧頭與湖下一帶。」
師因只有兩個團的兵力，再加上守備的海岸線長達十六公里，非常遼闊，致兵力顯露不足。原本師的工兵營及六○二團一營任師預備隊，俟十二兵團之十八軍增援到金門後，上級特命該軍所屬一一八師三五三團，擔任二○一師預備隊。
綜上所述可知，二○一師到達金門之後，並不是直接駐紮古寧頭地區，十月十日前，曾在太武山週邊地區擔任機動打擊部隊，一個月後才奉令駐守金門西北地區。
經營軍民關係
二○一師政治部政工隊隊員吳昌旼，在《現代國家》（一七八期）的〈金門大捷參與記（上）〉中，提及：「金門老百姓只要看到帶斗笠的，就知道是青年軍，走到那裡都受到歡迎。」青年軍二○一師為何受到百姓的歡迎？主因該師駐防金門期間，軍紀好沒有擾民事件，所以受到百姓的愛戴。除了不擾民之外，還做出許多的愛民義舉。師長鄭果將軍寫道：「師駐防就緒後，即在駐地附近，開始組訓民眾，普設識字補習班、兒童班等，教導民眾國語國歌，並利用軍醫開設民眾診療所，救助貧困老弱。因師之士兵係青年學生從軍，人人皆可任教，於是『娃娃先生』之稱譽滿民間。」此外，二○一師舊屬陳卜熙，在《古寧頭大捷三十週年紀念特刊》的〈與勝利同在〉，也敘說師的愛民助民作法：「初到金門，部隊借住民宅，與民眾相處極近，由於士兵皆是受過良好教育的知識青年，對婦女和年長者皆彬彬有禮，對兒童亦愛護備至。師部又在各駐地開設民眾補習班、兒童班、民眾診療所，一律免費，並濟助貧困老弱。因此，我們極獲民眾的歡迎，也獲得民眾的協助。」
經歷過古寧頭之戰的長輩鄉親，只要提到青年軍二○一師，都會豎起大拇指說讚。（中）