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金門人口外移的因素很多，傳染病肆虐是其中的一個重要因素。金門因往昔衛生設備落後，且居民住宅多厚墻小窗，室內陰暗潮濕，鼠、蚤易於孳殖，故常瘟疫流行，根據縣志記載之清代的疫病如下表：
由表中可以看到到瘟病的猖獗，1820-1823連四年發生，1894-1895年又連二年發生。這裡所稱的瘟病，就是指的傳染病，大體包括霍亂、天花、鼠疫，其中以鼠疫的為患最大。
鼠疫病因源由外地傳入，大體清中葉以後，下南洋的島民日多，金廈往返的旅客亦大幅增加，當時尚無防疫觀念，一旦萌發，遂不可收拾，死亡枕籍。故老相傳，清代光緒年間，瘟病全島蔓延，死亡人數高達八千人，受災最烈的村莊有沙美、盤山、古寧、珠山、後浦頭、後水頭等村社，僅古寧頭李氏一族，喪生者便達千餘人。而金門許多族譜亦載有清末瘟疫相關的訊息：例如《浯江顏氏族譜》載：「清末疫氣猖獗，談鼠色變。光緒二十四年閏三月二十六日，清耀公染疫身亡，隔兩天臣懿公相繼病死。二十八臣東公感染時疫，三天遽亡，順耀公愛子心切，憂煩成疾，距九個月亦溘然仙逝，中弟均享年五十二歲。而靜耀公、善耀公均以英年夭折，亦家運也。」又載：「光緒王寅（光緒28年，西元1902年） 時疫流行，公（順耀公）次子臣東染疫遽亡，壯年摧折，……。」
其實口述資料有關瘟病的案例更多，住新加坡的楊永生說：「在我三歲時父親就病故了，死時才五十九歲，……父親係感染鼠疫過世，據長輩轉述，那次鼠疫傳染病，湖下死了許多人，當時村民對鼠疫這種傳染病並沒有太多的認識，對傳染的途徑也不瞭解。早期金門的居住環境惡劣，衛生條件不佳，家中老鼠為患，平日見鼠不怪。遇老鼠感染病毒，要死不活的出現在牆角，也不以為意，結果就受到感染。」楊永生係1921年生，若以虛數來算，這次鼠疫發生的時間，應該是1919年。
他又說「后水頭也曾遭到鼠疫肆虐。有一次我和同鄉黃天福閒聊，黃天福係后水頭人，大約長我七、八歲，我們曾談起金門鼠疫肆虐的情形。據他轉述：年少之時后水頭綽號『時仔』長輩，在一次鼠疫襲擊村落時，他三個成丁的兒子在數天之內相繼感染死亡，楊天福看著他接連幾天到沙美買棺材，眼神充滿無助和絕望處境令人鼻酸。」住菲律賓宿霧的周華林說：「19世紀初，祖父帶著子嗣回到金門（浦邊），1910年6月金門發生發生鼠疫大流行，祖父和這名子嗣雙雙染病身亡。」民國之後，春夏之交，鼠疫仍時有發生，住印尼萬雅佬董秀寶：「家父成年之後，在金門娶妻生女，他有二段婚姻，先娶金門歐厝歐氏（馬來西亞歐陽翠萍之姊）為妻，然而才結婚二、三禮拜，即因感染鼠疫而亡故。後來父親再娶我母親李螺（金門古寧頭人），……。」
1937年，日本占領金門初期，傳染病依然很嚴重，當時流行的是瘧疾和赤痢，1937年11月日軍派員調查島上衛生狀態，以瘧疾患者最多，716名內科病患中，有570瘧疾患者。同月29日的《台灣日日新報》就載：「金門島上目前正在流行瘧疾和赤痢。」同年12月11日的《台灣日日新報》報導說：「由於金門當地衛生狀態並不很好，其南部村落有瘧疾，因此廈門博愛醫院長小林醫官等人，在此從事免費診治，每天都有數百患者。」
二戰結束，金廈復通，人員往來移動快速，互動頻繁，鼠疫疫情再度復發，李揚彬回憶1940年代故鄉前山前傳染病肆虐的情形說：「我的家鄉是在前山前，滿清時代不知為什麼發生火災被燒得光溜溜的，後來就寄住在族人的家裡。我祖母是前一個丈夫去世後，我祖父就把她娶進來的，生下了我兩個伯父，第三個就是我父親。我的兩個伯父，一個是因為霍亂，一個是失心風，三年內就沒有了，我爸爸說；『我大概是乞丐命吧！民國三十幾年家鄉鬧鼠疫，可能村裡面的人因我生病怕被傳染，就把我丟到豬籠裡面去了，沒想到我躺在豬籠裡奄奄一息的，鼠疫過後我竟然沒有死。』」
戰後《顯影月刊》對鼠疫猖獗的景況亦有記載，1947年5月，該月刊載：「自從時疫襲鄉後，死亡四名，里中人心惶恐，一入黃昏，即呈悽涼狀態 ……全普及及注射鼠疫苖，……並請李邦安醫士來主持一切防毒事宜。」同年6月10日《江聲報》載：「最近廈門海港檢疫所，以金門鼠疫流行，熱甚猖獗……為杜絕傳染起見，定六月十日起宣布金門為鼠疫區， ……由金門來廈之汽船帆船先泊太谷碼頭附近聽候檢驗。」
傳染病的不斷發生，死亡枕籍，島民遂紛紛離島外逃，金門許多族譜就有相關的記載，例如清光緒二十至三十年間，即公元1894~1904年，金門地區連年瘟疫相侵，特別是光緒三十年（甲辰年）對金門城葉氏二房而言，尤其悲慘，据其葉氏家譜記載，當時二房的十四至十六世有多位族親因染疾而亡，「所患之疾，十無二生，其毒甚鉅，或發咳而卒，臨死而能自知」逢此「疫氣流行，鄰皆遠避」在這樣的環境下，葉世忠的祖父乃南下謀生。又如《金門英坑黃氏族譜稿》載：「慶昌，智爺四子……七歲父親過世，送回金門由母親蔡氏照顧。清末民初，金門家鄉瘟疫成災，又回南洋古晉。」其實有關這次鼠疫的疫情，在黃慶昌的傳記有更詳細的記載，那一年大約是1904年，《黃慶昌傳》載：
當慶昌渡過了十五個寒暑的那一年，瓊林村以及鄰近的村莊都發生了鼠疫症。鼠疫症是一種傳染病，病源來自帶茵老鼠，由於村里衛生條件差，老鼠縱橫雜處，人一經被鼠噬，病毒便循血上腦，進而發高燒，全身出斑點，當時沒有藥物治療，所以不上三、五日患者便抽搐、發抖、皮膚發紫、嘔吐而死。尚時瓊林村每天都有兩三個村民染鼠疫而死。箴娘（慶昌之大娘）隔鄰的表叔家一個星期內就有兩名親人被奪走了生命。鼠疫症的流行使瓊林村人心惶惶不可終日，有很多人攜眷外竄，但不久，金門各個村莊都陷入鼠疫病的災難，簡直可以說是無一倖免。箴娘惟恐鼠疫病殃及慶昌，曾在第一時間把慶昌帶到英坑社去避疫，不過到了英坑社也受鼠疫傳染的時候，他只好痛下決心，忍痛咐托一位要回砂勞越的同鄉把慶昌帶回去。這迫不得已的決策對箴娘來說是極端痛若。
文中對於鼠疫的傳染途徑，因受限於當時的醫學知識不足，描述的或許不夠真確，但對鼠疫造成人心的恐慌卻躍然紙上。
同一年，金門西南隅的古崗村也發生鼠疫的疫情，住日本的董瓊華接受訪問說：「祖父以打漁為業，金門古崗人，父親董運籌於1904年農曆5月22日（國曆7月5日）生，祖父喜獲麟兒，進城裡買東西，因而染到傳染病，幾天內就病故了，距離父親出生時只有二個星期的時間，……」又據住金門古崗的家族成員說：「那次疫情除五叔公春甌（運籌之父）受害之外，家族尚有二名成員在一個星期內相繼亡故。」鼠疫傳染快，致死率又高，住菲律賓卡加鄢的陳文丑說：「早期金門農村，生活條件不好，家禽家畜多數是放養的，村莊外圍都有很多的糞坑，用來儲存糞便，所以大體上來說，環境衛生非常不好。在我懂事以來，金門便發生過鼠疫傳染病，那是在斗門附近的一座小村莊，因時間久遠，已經記不得村莊的名字。遇到鼠疫，幾乎沒有救，大人小孩死一堆，沒有人敢接近那座村莊。」
可見傳染病的疫情一旦爆發，死亡人數就會在短時間內快速飆升，對住民造成死亡威脅，人心自然惶恐不安，很多人因此決定逃亡，甚至舉家外移。例如住印尼峇來吉里文的鄭天來就直接表示，他們的家族就是因為家鄉的鬧鼠疫而來到印尼的。鄭天來說：「當時金門溪邊發生鼠疫傳染病，我聽長輩說，前一天還看到這個人在喪家幫忙處理喪葬事務，但隔一天就聽到這個人已死亡，死亡案例接二連三，村民大為恐懼，因此相繼逃亡。」「那時我的曾祖母陳氏，讓我們後輩子孫均非常欽佩，她可稱得上是當時的巾幗英雌，我們家族前來南洋她可算是開山鼻祖。當時她育有三名兒子，老大鄭由蠶，老二鄭由醋，老三鄭由補，三人均在金門出生長大，逃離金門時且均已結婚。」「鄭由補，也是我的祖父，可能才結婚一、二年；祖母呂氏，在「唐山」產下我父親鄭文廳後，就隨著家人搭船來新加坡，在公海途中，我祖母就在船上染病死亡，不得已家人只好以海葬處理。」
住印尼汫水港的黃幫海說：「我的祖籍是金門的後浦頭，聽我的祖母張葉說，早年金門常有瘟疫，她與其兄我舅公出洋來到雅加達，……」住印尼峇眼阿比阿比的楊忠允亦云：「我的祖籍是金門的湖下。據說金門鬧瘟疫那年，祖父楊堯捕帶著妻子（我祖母）林氏，與弟（我稱叔公）楊卓齊、卓新同來峇眼阿比，……」住印尼峇勿里洞楊肅武說：「我的祖籍是金門官澳，1952年出生，據說祖父當年得鼠疫，28歲的祖母張氏帶著4歲的父親來到印尼勿里洞」
鼠疫之外，早期金門還有天花傳染病，楊水生說：「我十三、四歲時，我們湖下就流行出水珠（天花病），我們村莊在我們家住的角隅就死了二個人。」總之傳染的肆虐是迫使人口外移的因素之一。