從民國三十九年到八二三砲戰發生後，這段期間內為了防制敵方滲透，同時也是為了加強內部人員管制，對戶口的設籍、清查、人員出入的管制，特別重視，所以實施戶口聯保方式，加強內部的聯防。在面對敵我距離如此靠近的情況下，對人員的通行、戶口的流動登記、人員進出海岸港口的管制，這些都為經歷過那段時代的人們，留下深刻的印象。

金門實施「五戶聯保」制度時，每五戶之間形成一個聯防，相互之間嚴密監視，以達到「保密防諜」的要求，五戶中如有一戶違反保密規定者，其它四戶受聯帶懲處。偶而就會查一次戶口，由各村落指揮部(軍方)會同村里幹事帶領，進入民眾家中四處訪查，並可以到民眾睡覺的房間逐個清點人數，查核與戶口登記是否符合，如果有多有少，必須交代清楚，並經陪同人員蓋章證明，查過後要戶長蓋章，證明在查對戶口時並無擾民情形。

當時交通不便，百姓如到外鄉訪親，往往無法當天趕回家，如果要在親友家過夜，必須事先到戶籍地村里辦公所向村里幹事或副村長打一張准予在親友家留宿的條子，寫明何時要到那一村里的親友家過夜？帶幾位未成年子女？何事前往？要住多少天？村里公所開具條子後，持有人必須連同身分證一起隨身攜帶，在親友家過夜時，如遇到查戶口，就得出示留宿條子，如果沒有事先打好這張條子，遇到查戶口時，留宿的主人和客人就會被帶走，關個幾天，經查明是良民後再釋放回家。

民眾如果有特殊事情，必須到本縣其他村里住一段不算短的時間，卻又無意將戶籍他遷，這時可以辦理「流動戶口」，人雖在其他村里，而一切勤務還在原戶籍地服勤。

有些年紀較大的金門鄉親，他們從年輕時代，養成出門時隨身攜帶身分證的習慣，如今雖然這種辦法早已廢除，但他們仍時刻不忘在出門時隨身攜帶身分證的習慣，就是那一段時期所養成的。

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設籍金門本地的百姓，離鄉遠赴臺灣時，也必須經過合法申請，由地方境管單位以金門防衛司令部名譽發給一份「中華民國台灣金門地區往返許可證」(後改為往返同意書)，方得安排交通工具，經過身份查驗後離金，返程時也須經過如此的手續。由金防部核發的往返許可證，初期申請困難，且每次發給證件只能使用一次，下次使用前須再度申請，民國七十七年起，非役男人員改為一年有效期限內，可往返三次，之後再改為「有效期限一年，可往返十次，逾期不得申請加簽」的方式，為時常來往於台金間的金門民眾，給了很大的方便。

金門籍的役男，雖然不必服常備兵役，但凡年滿十六歲之男女，經體檢合格後，得編為乙種國民兵，納入民防自衛隊，自衛隊員每年赴台申請出入境時，必須檢附最近一次「自衛部隊年訓證明書」，證明當年確已受過年訓，才准予發給許可證。

至於設籍本地的公教員工出差或度假赴台，則須填寫申請表，由權責主管單位發給一份「金門戰地政務委員會員工赴台差假證」，相當於一般民眾的往返許可證。這項差假證的辦理手續，早期須呈報政委會或縣政府核發，到了後來，差假證改由各機關主管自行簽發，就簡便多了，到了金門開放民航機飛行的時期，這項手續尚在實施。

民國八十一年六月，國防部發布命令：原籍金門、馬祖地區的民眾，其往返台金、台馬，除役男外，即起試辦以身份證替代原用的往返許可證(出入境證)。這項辦法經過有關單位深入研究後，於六月十六日開始實施，使用約四十年的出入境許可證，才從此走入歷史。

　當年十一月七日，戰地政務解除後，隨即由金防部司令官會同金門縣政府聯合訂頒的「人民入出金門地區申請作業程序」正式公布，之後國人來金門觀光、旅遊、探親的人，可依作業程序申請。次年二月，「金門馬祖地區開放觀光辦法」經國防部、交通部、內政部會銜訂定公布，從此金馬觀光的大門正式對外開放，金門戰地往日神祕的面紗也逐漸被揭開。

金門實施戰地政務時期，不但遠赴台灣必須辦理往返許可證，即使來往於大、小金門間的金門民眾，也必須由村里辦公處出具一張同意書，方可在水頭及九宮碼頭購買船票，登船過海。至於在金門本島及烈嶼地區上班的公教員工，則必須由其服務機關出具相同的同意書，才可憑證購票登船。

這項憑通行證放行的辦法，從民國六○年代後期開始，居住於烈嶼的居民改為憑身分證件，而服務於烈嶼的公教員工則改以服務單位發給的職員證，取代原用的通行證，這項辦法實施一段時期後，方告解除。