第一民政處設沙尾(沙美)，轄滄湖區、碧湖區、金沙區、瓊浦區；第二民政處設後浦，轄城廂區、金城區、金盤區、古寧區；第三民政處設烈嶼，轄烈嶼區。民政處處長由軍政治部主任兼任，下設軍事、民政、總務三科；指派軍事幹部擔任行政工作，區設區指導員，村設村指導員。鄭世華先生回憶說：「戰後，我們部隊開到林厝清理戰場，搶救傷兵，掩埋死屍，工作完成後，我們的部隊奉令退到后湖一帶整訓。稍後，一部分撥發台灣，一部分轉發到行政單位，一部分仍留駐后湖整訓。我就是在這時候轉到民政處服務，我由民政處指派，分發到區公所工作。三十八年十一月，我被派到金盤區公所盤山村擔任村指導員。」

三十九年三月撤消三個民政處，設立金門軍管區行政公署，以統一事權，安定社會，促進建設。置行政長，下設辦公廳、督導室主任各一，及政務、軍事、總務三科，及警察局、公醫事務所、苗圃場。

四十年十二月行政區由九區歸併為金城、金寧、金山、金湖、金碧、烈嶼等六個區。

民國四十二年二月恢復縣治後，依自治規章將原有區、村、伍之組織調整為鄉(鎮)、村(里)、鄰；全縣編為金城鎮、金寧鄉、金山鄉、金湖鄉、金沙鎮、烈嶼鄉，計六鄉鎮五十三行政村里。四十三年十一月，烏坵鄉劃歸代管，迄今。

　五、軍事幹部取代行政幹部

　 戰後，實施軍事管制，以軍事幹部代替行政幹部。公署成立，改保甲為區村(街)，保留原有之村伍組織。村(街)設村(街)長、村(街)指導員各一員。四十二年二月恢復縣治後，改街為里，伍為鄰。村(街)長村裡名譽上的首長，一般是本地人，不必天天上班，雖然是官派的，但沒有薪水，只有二人份的米糧津貼。村務實際由村指導員負責，對外連繫也由他負責，與部隊協調也是他的事務，上級交付的任務也由他負責執行。四十三年七月增設專任幹事一員，幹事的工作是協助村指導員處理一些幕僚作業，如公文書寫、通知單轉發、名冊的繕寫等工作。

上級的命令通常不經過村長而直接傳達給村指導員，他的權力很大，但相對的責任也非常重。因時局很亂，村務千頭萬緒，需要配合上級的要求很多，工作非常繁重，村指導員若未能如期完成，輕者警告、申誡，重者記過、撤職；根據邱仕財先生回憶說：「我們的工作和任務都很繁重，沒有白天、夜晚的區分，沒有上班、下班的分別，隨時有事都要立即處理。」

村指導員的首要任務即是民防組訓，所以要確實明瞭各該區村之人口狀況，作組訓與征集之依據，並加強組訓，掌握壯丁。村指導員對各種戰時任務隊及居民應於一個月內全部認識，指導員應駐宿公所內，對上級所頒佈之一切命令，務須督導迅速確實執行。

金門地區民眾接受軍訓，始自對日抗戰之前；但大規模實施民防組訓，應該是國軍進駐以後的事。民國三十七、八年，大部隊進駐到金門，動員民眾，協助構築工事，搬運軍需糧粖；古寧頭戰役更動員壯丁，搬運彈藥，搶救傷患，但這些動員都是軍方臨時性的措施，尚非制度化的系統動員，此時亦無軍事性的民防組織，當時強制力尚不足，動員亦非全島普遍的現象。

金門軍事性的民防組織，應自軍管區派出村指導員起算。古寧頭戰役在十月二十七日結束，第二軍管區即在十一月一日派任少尉隊員趙德孫兼任村指導員，此後一個月內在古寧區、城廂區、金盤區、金城區各區村落均有村指導員進駐，共計三十九人。三十九年元月第一軍管區發佈各區、村指導員，計發佈三十四名。行政公署成立後，大金門之指導員重行調整，小金門則始設指導員。

根據洪福田先生回憶說：「我原任青岐村的副村長，村長是洪天從，各村還派有一位村指導員。最初，村的指導員都由駐軍直接派出，那時部隊的營指導員是少校，幹事是上尉，某營駐某村，即由營部派出幹事擔任該村的村指導員，例如某營駐上林，即由營部派出幹事擔任上林村的指導員。不過，我們青岐村是小金門一個較大的村落，所以派到本村的是一位少校，名叫聶鵬雲，我們稱他為教官。四十一年行政公署才招訓了一批怒潮學校畢業的學生，來小金門擔任村指導員。」

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