其次是幹部訓練，為培養幹部的作戰指揮能力，增進自衛幹部的本職學能，區隊長以上的幹部都納入訓練的範圍。早期參加受訓的人員包括婦女隊的隊長、村里幹事、服務站主任…等，受訓的時間是二星期。後來規定召集區隊長以上幹部集中施訓一至二週，重點是政治教育、兵器訓練及戰技教練。他們集中住在士校，委由第二士校訓練，倪鳩靖先生回憶說：「每年所有的村里幹部必須輪流到第三士校(後改稱第二士校)受訓，我最初參加時是每年一個月，集中在士校，委由士校負責代訓。以後受訓練的時間逐漸縮減，由一個月改為二個星期，最後改為一個星期，課程主要是政治教育、兵器訓練、基本教練及戰鬥教練。」據許明鴻先生的說法，民國七十三年以後改在榜林的國礎國小訓練，由自衛總隊自行辦理，自衛總隊的幕僚及副鄉鎮長組成一個教官團來授課。

同時為了磨練幹部兵棋推演能力，於民國六十五年一月二十四日假金門高中圖書館，召集地區副中隊長以上幹部二一一人，實施單方面計畫統裁兵棋推演；六十六年一月五日再次假借育樂中心召集中央駐金與會屬單位主官、縣府科室主管及婦女隊隊長以上幹部二一八員，實施計畫統裁兵棋演習，根據共軍以往戰術，從嚴從難設置狀況，以抽簽及自由發言方式研討對策。　　

第三是員工戰鬥訓練，為貫徹全民戰鬥全面制敵，落實防區縱深陣地配備之要求，將各機關、學校、社團、廠庫員工依其單位駐地分佈狀況，及工作性質相近者編成一個訓練單位，每年由各守備區協訓六天。 許明鴻先生回憶說：「訓練時間是一星期，分上、下午梯次辦理。例如本機關有二十名員工，就分為二梯次，十名在上午，十名在下午，以不影響公務為原則。實施的時間大約在自衛部隊訓練以後，以每年農曆春節過後舉行。由各鄉鎮公所自行籌劃辦理，例如金寧地區的機關學校員工，即由金寧鄉公所負責，將金寧鄉各機關學校的員工集中在一起訓練。總隊部負責協調教官及督導，教官一般均由守備區負責調派。」

四是學生暑期訓練，每年八月份舉行，高中、高職升入二年級、三年級的學生參加。據許明鴻先生說法，每次大約一星期，總計就讀高中職三年期間，必須訓練二次。在不打破原班級之原則，編成若干訓練隊，分由金西守備區及南雄師支援協訓，以政治教育、兵器講解、戰鬥教練和救護訓練為重點。

至於戰鬥村的「村落作戰」之演練，係依戰術原則進行演練，分機動防禦、逐屋戰鬥和據點固守三個階段進行。機動防禦階段，以部分預備隊員進入村落週邊野戰工事射擊位置，發現敵人向本村進犯時，先以機槍行遠距離射擊，遲滯敵人行動；當敵人接近村落二百碼時，集中火力射殺敵人，如敵人逼近村落，再令反擊陣地內之火力從敵人背後夾擊敵人，以期盡殲犯敵；機動作戰的原則盡可能避免與敵人膠著，但必須與敵人保持接觸，相機以民防隊少數兵力利用地形或坑道，出其不意攻其後背，保持外線作戰，爭取主動，打擊敵人主力。