四十三年「民防總隊」更名為「金門縣民防總隊」。由當時金防部司令官劉玉章呈報國防部的公文書，︿金門區民防隊配合軍隊作戰實施辦法﹀中的第二條載明：「本區設民防總隊，由金門縣縣長兼任總隊長，副縣長兼任副總隊長。」該分文書發文的時間是在民國四十三年七月，至此始明定金門縣縣長兼任民防總隊總隊長。

四十四年七月奉命設立「金門民防指揮部」。根據民國四十四年九月五日︽正氣中華報︾李華志：︿躍進中的民防部隊﹀一文載：「本(四十四)年七月奉命設立「金門民防指揮部」。惟金防部正式向國防部報備成立「民防指揮部」的時間是在四十五年九月四日。「金門民防指揮部」設指揮官、副指揮官各一人，分由縣長、副縣長兼任，下轄總隊部；總隊部設總隊長一人，由軍事科科長兼任，但此時的「民防總隊」是二級單位，而非一級單位。

民國四十六年，依︿金馬地區各縣民防總隊編組辦法﹀規定「縣設總隊」。

民防總隊回復為一級單位，仍由縣長兼任總隊長。往後民防總隊的「總隊長」儘管數次更名為「民防指揮部」的指揮官，但縣長仍掌握民防武力的實權，防區司令官動用民防武力均需透過縣長來達成。

但至民國六十年十月中華民國自退出聯合國後，在國際上日益孤立，因此特別加強內部團結；為防中共乘機挑釁，增強前線的民防戰力，配合國軍作戰，以應付可能的挑戰，特別設立專職的民防總隊長，負責民防事務，開始有專職的業務單位和人員，不再是以往由行政人員兼任。十二月，民防指揮部改為民防總隊，改設專任總隊長一人。由警察局長兼任副總隊長，下設訓練處長，轄戰情、後勤、行政、政訓等組。

首任專任總隊長由韓卓環將軍出任。他是備役少將，陸軍官校畢業，期別很高，輩分也高，軍事素養又好，對草創時期的民防總隊有很大的貢獻。民防總隊從無到有，從草創時期的紊亂到制度的成形，建立民防總隊的初步規模。黃錫安先生回憶說：「他對部屬的工作要求非常嚴格，但賞罰分明，而且能身先士卒，所以能鼓舞士氣；他能以身做則，所以能上行下效，帶動自動自發的風氣。」

民國六十二年六月，「民防總隊」改為「自衛總隊」，仍設專任總隊長一人，副總隊長一人(警察局長兼)，其幕僚編組為戰情、後勤、政戰三組，以訓練處長為幕僚長，均為臨時編組。自衛總隊改制之初，上級非常注重視這個新單位，黃錫安先生回憶說：「從金防部到國防部，二、三天就來視察一次並聽取簡報，有時長官會臨時在晚上打電話通知，上級長官預定在隔日清晨前來本部視察並聽取簡報，每次接到通知，我們都得連夜加班整理資料。因為我們人數很少，全組除組長外，共有三位組員，一位姓許，負責作戰業務；一位姓陳，負責情報業務；我則負責訓練業務，所以那段期間加班是常有的事，幾乎天天如此。還好組長能夠充分授權，組長是特戰部隊退役的上校，他只決定大原則，其他的細節全部放手讓我們去做，我們人數雖然很少，但我們合作無間，所以都能圓滿達成任務。」

韓總隊長於六十二年十月三十一日離職，接任者為賈乃隆；賈總隊長只擔任短短的半年，就因故離職；第三任總隊長是張修壽，黃錫安先生回憶說：「他(張修壽)做事積極，工作要求絕對是百分百，而且事必躬親，在他任內總隊部建立起戰鬥村的全部計劃，例如『附件一』應該做那些事，『附件二』應該做那些事；戰鬥村的內容及相關行動準則，全部在他手上完成。他的脾氣雖然稍嫌急躁，部屬犯錯，他會當面斥責，但從未記在心裡；但對於認真做事的部屬則時常給予鼓勵和提拔。他的任期很長，一直到民國七十一年二月一日才離職，所以民眾自衛總隊的規模幾乎建立在他的手上。」

自衛總隊的組織在張修壽任內有二次更動，第一次在民國六十四年四月，奉行政院核定組織規程，定名為「民眾自衛總隊」，設專任總隊長一人，秘書主任一人，下轄政訓室及第一、二組等二組。至此正式納入編制，配予員額。第二次是在民國六十七年一月十六日因任務需要，經呈奉行政院核定編制，正式定名為「金門縣民眾自衛總隊部」，設總隊長一人(專任)，副總隊長二人，專任、兼任各一人，兼任副總隊長由警察局局長來兼；總隊部下設輔導室及戰情、行政、役政、通信等四組，職司自衛部隊組訓、戰備整備、裝備維護，乙種國民兵及後備軍人管理，漁蚵民灘民管制，政治教育等工作；另置會計人事管理員各一人。(五十六)