漁民訓練，除每年定期自衛隊年訓教育外，並定期召集全縣漁民，分區巡迴講習一至二天，訓練以政治教育、保密防諜常識、漁民法規簡介、海上應變措施、訊號連絡、漁事情報蒐集為重點。楊世英先生回憶說：「蕭政之秘書長更覺得漁民保密防諜觀念非常重要，為慎防再有漁船、漁民被中共漁船拖往大陸，可能洩露金門地區軍事機密，威脅防區的安全，於是以鄉鎮為單位，將漁民集中講習，凡地區持有漁民證者一律參加。訓練以政治教育、保密防諜常識、漁民法規簡介、海上應變措施、訊號連絡、漁事情報蒐集為重點，目的在宣導保密防諜的重要性。蕭政之秘書長還利用民眾敬奉神明的心理，將漁民帶到附近廟宇宣誓，為慎重其事還有砍雞頭之儀式。」

當時漁民講習訓練每年一次，一次三天，除上述保防課程外，機動漁船還有機器修護課程，楊世英先生回憶說：「早期東港公司提供低利貸款的優惠，所以縣政府鼓勵漁民向東港購買發動機，但它的機器容易故障，漁船常在海上故障，有時被風吹就漂到對岸，或被拖到大陸港口修理。漁民、漁船被拖到大陸者，回來後就會被吊銷漁民證，有一段時間不能出海作業。」基於保防的因素，也是基於漁民本身的權益，機動船漁民必須學會機器修護。

民國七十九年以後漁民講習重點在漁民走私違規法令講解。自衛總隊更進一步舉辦漁管幹部講習，召集各港口專(兼)任漁民輔導員，駐守港哨幹部(師、旅、營級承辦人，哨長、排長、連長)及漁民代表，分區實施講習半天。教官請金防部第三處、政四組及自衛總隊各業務主管擔任。課程內容主要是法規講解，採講授及座談方式實施，藉以溝通觀念與做法。

除了靜態的講習以外，漁民還要配合特殊任務來操演。黃平生先生回憶說：「海上操演由海指部和金防部運輸組來負責，由海指部指派軍官擔任教官，協助各項通訊訓練，例如海上遇到各種狀況，如何利用旗號來聯絡，訓練每一位漁民熟悉各種旗號所代表的意義，以及如何打旗號；運補課程由運輸組派教官來指導，教導漁民在何種狀況下可以運補，何種狀況下不能運補，運補的航線、遇有緊急狀況時應如何處置及處理要領。」

至於配合部隊演習，進行操舟演練，著眼於海上各種隊形變換，戰技戰法之磿練。李增華先生回憶說：「民國六十四年我調到小金門青岐村擔任漁管員，青岐村是金門的十大漁港之一，居民很多靠打魚為生。有一次烈嶼守備區大演習，由南塘旅旅長擔任指揮官，命令我將所轄漁船集中到四維港，模仿作戰時軍隊運補情形，進行各項操演，當時我還坐在船上指揮漁船進行運補演練，利用旗號指揮漁船做海上隊形變化。漁民配合國軍演習是沒有待遇的，屬於漁民動員的一部分。」

黃平生先生回憶說：「就訓練時數來說，漁民訓練和一般民防隊的訓練大同小異；但訓練課目則有所不同，例如自衛隊的村落自衛演練，漁民則改為訓練離島運補；自衛戰鬥項目中的地形地物利用，漁民則可能是旗號通訊訓練。訓練的時間雖然是依據自衛總隊年度的訓練計畫辦理，但自衛總隊每年的訓練計畫所規定的時數不同，早期有的每年高達四星期共二十八天，有時候是三星期二十一天者，後來訓練時數逐漸遞減，改為十四天，後再減為十二天；訓練的時數以二至三星期最為常見。」

　　廿九、漁民的管理

　 金門漁民管理著眼於防止漁民洩密，以確保防區安全。漁民管理分漁船管理和漁民的安全查核二部分，漁船管理是自衛總隊的業務，但漁民的安全查核是警察局的業務。漁民並不是人人可以從事的職業，從業人員必先經過警察局的安全查核，通過查核後才由民防總隊發給漁民證，有漁民證才可以出海作業，漁民證每年換證一次。漁船的管理可分出海檢查、海上作業、漁船返港三方面來說明。出海檢查方面：漁民進出海作業須持漁民證、國民身分證及村里辦公處發放漁民出海作業許可證，經查驗符合後放行出海；檢查站如發現有漁民出海作業各種證件及手續不全者，即予禁止出海；漁船出海作業須有二艘以上船筏同出同歸，並在同一區域內作業者始准出海，俾能互相支援，以策安全。