黃平生先生又說：「早期運補東碇的工作一直由遠洋漁民中隊負責，金防部運輸組有一位海軍軍官專門負責此事。由他直接和遠洋漁民中隊連繫，每一次遠洋漁民中隊接獲通知後，就會調派一艘漁船負責運補任務，每次運補東碇，軍方會發給新台幣5600元做為津貼及補貼46加侖的油料。」

董王獅先生回憶說：「自衛總隊成立後，漁民全數納入編組。自衛總隊下設有漁民大隊，五噸以上的機動漁船必須參與離島運補，運補主要是一些豬肉、罐頭、蔬菜等貨品，有固定的航期和航次。民國六十三年以後，本村漁船就開始負責東碇的運補，當時本村漁船編成數組，依序輪流，輪到時就須前往，不能藉故推拖。軍方每航次只補貼油料46加侖，每船(五位漁民)再發給工資五千多元。船靠東碇碼頭後，我們只要將物品搬上岸後，即由島上部隊派士兵來搬運。但輪值當天就無法出海作業打魚，損失很大；船隻撞損，也得自行修理，軍方並不負責修護。」

解嚴後，離島運補作業已經標給船公司來負責，依合約全年必須航行多少航次，軍方則付一定數額的款項，目前的離島的運補已經是一種商業行為，和以往半義務半強制的漁民動員和運用完全不同了。

軍勤支援方面：除每年定期性派遣機動漁船擔任北碇海底電纜檢修維護工作外，另依戰備任務需求，完成近海接駁運補與心戰海漂施放工作之執行。曲知平先生回憶說：「記得在宋心濂上將擔任司令官的時期，有一次漁船因為協助舖設海底電纜，結果造成沉船事件，總計有三位船夫和十八名軍人落水，沉船之後，成功隊趕緊去救，幸好並沒有任何傷亡。但沉船事件，宋上將大發雷霆，要求把漁民管理員關起來，因為金防部通訊組向司令官報告說：『根據阿兵哥回報，自衛總隊派了一條「漏船」。』為公義正理我不得不面向司令官說明：我不同意關漁民管理員。他問：『為什麼不能關？我還要軍法審判他呢！』我說：『你要講理呀！』他生氣說：『我什麼時候不講理？你跟我這麼多年，我什麼時候不講理呀？』他接著說：『這位漁民管理員真是壞，我要他派一艘船，他不派好船，竟然派一條「漏船」。』其實閩南話『老船』和『漏船』是同音，我趕緊說明，我說：『報告司令官，漁民管理員派的是「老船」，不是「漏船」。』他問：『那他(漁民管理)為什麼不派新的船給我們用呢？』我說：『報告司令官，漁船的軍勤任務是排班輪流的，凡是五噸以上的機動漁船都要輪，今天輪這一艘，明天就輪另一艘，輪到的就不能打漁，輪一天有可能就短少十數萬收入，漁民能打魚的時間很短，可能主要的漁汛集中在一、二個月，這一、二個月一過，魚獲量可能就變的很少。』我接著又說：『因為軍勤任務是用輪流的，這次剛好輪到這艘五噸的老船，所以責任根本不在漁民管理員，當然也不在漁民，而在這位帶班的排長，他把這十八位士兵集中在一船首，下達一、二、三口令，然後用力一拉，結果整條船鑽到水裡。』就這樣他才沒把漁民管理員關起來。」

特定任務方面：早期有突擊操舟任務，後期大陸漁船迷航漁民的遣送等。徐榮祥先生回憶說：「有一次國軍突擊福建省的一個島，至於那一個島我已經記不得了，時間大概是在民國四十出頭年的時候。當時金門還常到大陸去突擊，在溪邊還駐有一支福建反共救國軍，由美國的情報機構「西方公司」供應武器，西方公司到我離開金門的時候還在。因我在那個地方還擔任教官，所以粗略知道一些大概情形。那次突擊行動，小金門有一位指導員，率同該村的三艘漁船隨同軍隊前往。」

漁船還要負責遣送大陸漁民，黃平生先生回憶說：「大陸漁船機械故障，被我方漁民拖回修理，或因霧季而迷航，或偽裝投奔自由，經軍方偵詢之後，就會派遣我方漁船送回。一般都是從南海面出航，所以較多指派遠洋中隊的漁船來執行該項任務，從料羅港出海的機率較多，古崗的金湯港也有過。軍方設定從那一個港口出航，就指定這一個漁港的漁民負責執行該項特定任務，我會事先通知漁民輔導員，依任務特性選定一艘漁船，負責遣送的船長必須思想忠貞，船隻狀況必須良好；規定明日幾點在何處港口待命，依約定時間金防部會將大陸人士派車載送到約定的港口，為防止港口設施洩密，在下車之前，會先用黑布矇上眼晴，待漁船駛出港口後再解開黑布，在海域中線再解開纜繩，全程都由雷達站監視進行。