「海訓之後，最初是整個隊集中管理，後來就有任務分組，有人仍分配到各鄉鎮，有人分發到港檢所，有的配到遠洋漁船，有人分發到各小漁港，跟隨近海漁民出海。那時每人都要出海搜集情報，搜集任務就是配合漁船出海打漁，遇到大陸漁民就利用機會交談，或看他們的行動是否是實際在打魚，還是另有任務，或從事情報蒐集，回來後要將所見所聞寫成報告；配合漁民出海屬於特定任務，是照輪的，每個人依序來輪的。」

不過，有人認為是先上漁船實習，再接受三個月的海訓，曹文生先生回憶說：「六十七年的三月一日派到各漁港參加海上實習，我分配到遠洋的漁船，最重要的工作是情報蒐集；不過，海上實習到了五月十五日就停止了。聽說停止的原因是大陸知道有這樣的一個隊在從事情報蒐集工作，開始派出艦艇出來捕捉我們的漁船，同時清查有沒有我們這一類的人員混在裡頭，我記得五月十日左右，昔果山有一艘漁船就被捉過，還好那一艘漁船沒有我們隊上的人員在船上，也因此到了五月十二日我們就解除這項任務。」至於何是何非，目前無公開檔案可資研判，所以謹將不同說法並存，以供參考。

由於海訓非常嚴格，中途陸續有人退出，到海訓結束，就只剩下三十多位了。洪建智先生回憶說：「到了第二階段，海訓比較辛苦，訓練比兩棲部隊的訓練還要嚴格，比兩棲部隊學得還要多，因為兩棲部隊沒有學爆破，一般家長心疼自己的孩子，所以退訓人數達到一半以上，到海訓結束人數只剩下一半。」 曹文生先生則回憶說：「漁船訓練之後剩下五十九個人，再經過兩棲訓練之後只剩下三十八人。」「漁船訓練時就有人退訓，因為他們質疑當初招生明明說是擔任公務人員的助理員，怎麼還要上漁船實習，而且還要再接受兩棲訓練，這一切跟他們的想法和個性不合，有一些人不喜歡，於是就自己請辭了，也有一些人是在受訓中受不了苦，自己退訓了。」

當時退訓是否要賠償，有人說要，也有人說沒有賠償。不過，縣政府為了這些退訓的人，還成立了仁愛工作隊來安置他們，洪建智先生回憶說：「中途退訓的人因為沒有接受全程完整的訓練，所以沒辦法成為公務員。他們退訓下來，大半的人都到仁愛工作隊去了。當時縣政府將所有鄉村整建的工程統一由仁愛工作隊來做。」「沒有到仁愛工作隊的人都到台灣發展，而且出路也不差，那時台灣保全剛在發展的初期，看到有這一批人，保全業非常喜歡，於是一個拉一個，很多人就這樣進了保全業，我記得那時翁大銘身邊就有好幾個，很多人在保全公司目前都當組長了。」

海訓結訓後，隊員再回各村里，協助自衛部隊的訓練；或支援港檢處、港警所、漁港處，負責檢查漁船。蕭子陳回憶說：「金沙鎮共配置十七人，我任隊長，我在鎮公所，其餘的十六人分配在各村里公所，每個村里公所大約二名。總隊部要集合，我負責連繫；總隊部有事情要通知，就由我代為轉達，我將他們集合在鎮公所，交代上級的任務。」

至於隊員的待遇，蕭子陳回憶說：「我們是領助理員的待遇，民國六十六年十二月至六十七年的薪資是新台幣3440元，六十八年大約是新台幣4600元，六十九年大約是新台幣5800元。」

基幹隊規定每年都要複訓一次，複訓都是一些比較特殊的海訓課目，如海上爆破、海上操舟等等，不過民國六十八年複訓之後，就沒有再實施複訓了。蔡福祿先生回憶說：「民國六十七年，中共和美國建交以後，兩岸的情勢反而日益和緩，上級也針對基幹隊的任務重新檢討，最後他們認為金門並沒有立即發生戰爭的危機，也沒有像南北韓中線一樣的情勢，所以在檢討之後，只要村里有幹事出缺，基幹隊員就可以去佔缺，因此有一批人慢慢轉到村里擔任基層行政人員。」例如張峰杞在六十八年十一月，到官嶼村擔任村幹事。蔡福祿六十八年派到金湖鎮的新湖村擔任警保幹事。