董巖山先生回憶說：「戰地政務時期自衛總隊的業務非常廣泛，為因應戰地政務終止，制度回歸常態之後的變革，其業務職掌交由相關的單位來承接，民防的部分移交警察局負責，役政方面交由民政局下的兵役課負責，漁民的管理部分交由建設局的工商股負責。那時防空砲洞有2000多個，相關資料全部移給警察局；輔導室的業務，安全的部分交給政風及警察局的保安，漁民相關的檔案交給建設課工商股；國民檢定及役男管制等業務移交給民政局下的兵役課；關防印信交給人事室；當時還部分檔案沒有人要，有部分同仁乾脆就把它銷毀了。我得知後，立即下令禁止，我說：『單位要裁撤，公文要移交。』不過據我了解，同仁所焚燒的是一些參考資料，還有重覆的相片，歷年自衛部隊所拍攝的照片很多，有訓練的、有演習的、也有國慶閱兵的相片。在同仁看來，圖片並非是公文 這是我自已拍的，交給你，你要就拿去，不要我就燒掉。資料愈少愈好，只留下一些重要的，整理起來比較方便，所以就把不重要或重複的銷毀了。後來李錫回主任也曾跟我要過相片，我說：『當初我們要把這些照片交給你們，你們不要，你現在才找我要，我也沒有辦法。』」

許明鴻先生回憶說：「自衛總隊自始就沒有設立檔案室，每一個人承辦的業務資料由個人自行保管，大家都放在鐵櫃裡。根據自衛總隊的規定，所有資料必須保存五年，五年以後就可以銷毀，尤其是作戰資料(包含金防部頒下來的作戰計畫和我們自衛隊的作戰計畫)，因屬於機密資料，所以必須按規定銷毀，不能保存起來。如果每一個都按規定銷毀公文，按常理推測自衛總隊在裁撤前的檔案，除了另有規定的資料及必須永久保存的人事資料外，大概只剩下最近五年的資料了。」「自衛總隊在人員還沒有調走以前，每個人都把資料交回來，每一項業務都按照計畫、執行、考核整理清楚，並且接受縣政府檢查。在整理過程中，各人就順便檢視自己保存的檔案資料，檢討那些資料有沒有用，符不符合銷毀的年限，如果超過五年就依規定登記銷毀了。」

機關裁撤，業務移交，檔案資料隨之移交。業務有關的單位要接受，資料就隨之移交，其餘沒有人接受的檔案資料，按規定理應交由上一級單位處理，所以就移交給縣政府。許明鴻先生回憶說：「那時縣政府的檔案設在在地下室，就是在秘書室的地下一層，那裡很潮濕，空間又小，保存縣府的檔案都已經不夠了，那還有能力容納這些外來的檔案呢？縣政府又認為自衛總隊即然要裁撤了，留下的資料 也沒有用，所以就叫我們銷毀，最後我們把人事資料送到縣政府，因為人事資料因事關每一個人的權益，其餘的資料只好銷毀。不過現在想來，把整個自衛總隊的資料全部銷毀是有一點可惜。」

財產的移交也是一個問題，自衛總隊承續民防總隊、民防指揮部，是一個存在數十年的組織，相關的財產自然不少，例如庫存的制服，各大中隊的牌子和隊旗，還有歷年增購的財產不在少數，例如因訓練需要購置的器材，辦公需要做的櫃子，日常生活用品如桌椅和床舖等，破損或超過使用年限者當然可以報廢，但未超過使用年限及堪用的家俱器材不少。董巖山先生回憶說：「在交接過程中最困擾的是這些東西要移交時卻找不到適當的單位交來移交，最後我們將各大中隊要報繳的物品集中到總隊部，然後再分門別類造冊。制服及各大中隊的牌子、隊旗全部移交給縣政府的秘書室去處理，至於這些東西最後到那裡去了，現在我也不了解。至於堪用的家俱器材分類統計數量後，再行文調查各單位的需求，然後按需求來分配。」

財產移交完畢後，整個移交過程也接近尾聲了，剩下來的工作就是人員的遣散和移撥了。董巖山先生回憶說：「公務人員因受法律的保障，所以並不能隨便遣散裁員，但自總隊這個機關確定將隨戰地政務終止而裁撤，所以自八十年開始就採取屆齡退休，遇缺不補的策略。但至八十一年初，自衛總隊還有60多位同仁，如何安置成為政府一件棘手的問題，因為人員移撥必須根據單位的需求和個人的專長來辦理，這是一件蠻困難的事情。我曾多次向縣長反應，縣府也多次召開協調會議，但是還是沒辦法在戰地政務終止自衛總隊裁撤前將全部人員重新分發完畢，那時未重新分發的同仁內心都有一些浮動，生怕最後被資遣。」