總統依據憲法及動員戡亂臨時條款，設置國家安全會議為動員戡亂機構，處理反攻大陸之軍事與戰地政務。國家安全會議負責戰地政務政策之審議與督導。國防部設置戰地政務局，受總政治作戰部主任之督導，負責戰地政務政策之策訂及全盤計畫與業務之推行。戰區設置戰地政務委員會，置主任委員一人，由戰區司令兼任，負責戰區戰地政務策劃、指揮、監督之全責；置秘書長一人，由政治作戰部主任兼其職。

政務委員會直屬國防部，為戰地最高決策機構，主任委員由金門防衛司令部司令官兼任，秘書長為防衛部政治作戰部主任兼任。當時實施的是黨政軍民一元化的領導，司令官是防區的最高行政首長，在軍中他是最高指揮官，在行政方面他是戰地政務的主任委員，在黨的地位他是特派員，戰地政務的大大小小事情全屬他一人掌管。

那時候戰地司令官有先斬後奏權，據四十三年至四十六年擔任民防總隊部總隊長的徐榮祥先生回憶說：「有一次大陸的水鬼上岸摸了一個海防哨兵，依照當時的軍律，班長和排長是要負連帶責任的，而且是要被槍斃的，負責這個案件的軍法官叫做張肇平，他(張肇平)被劉玉章司令官找去問話，司令官問張員說：『班長、排長槍斃沒？』他說：『報告司令官，槍斃是要先報國防部的。』司令官說：『我不管，明天早上要是槍斃不了他，我就槍斃你。』張員趕緊回去，用電報立即向國防部報備，完成了必要的手續，也在當天就把班長和排長執行槍決了。」 這種事情在現在民主化的社會是很難想像的，但當時前線指揮官的確握有生殺大權。

全縣的重大政策都由司令官來裁決，其中包括許多法律案，徐榮祥的回憶說：「有一次劉玉璋司令官問我：『金門有沒有流氓？』我說：『流氓不能說沒有，各地總有些品行不端的人。』劉司令問我：『你為什麼不辦他。』我回說：『辦人要有法律依據呀！』劉司令說：『那你就擬幾條規定上來，我來批示。我批示過後不就是法律依據嗎？』會後我真的就草擬了數條規定，劉司令官也真的批准了。」

在戰地政務體制之下，縣政府不能獨立，地方建設司令官有絕對的影響力，權在司令官手上，如果他認為不能做就不能做，以裝設路燈為例，前縣長李清正說：「戰地政務末期還處在『燈火管制』的時代，夜間的金門，全島一片漆黑；反觀對岸廈門燈火通明，鄉親時常將大陸和金門做對比。早期常說：『自由基地是光明的基地，大陸是黑暗的大陸』；但現在到了夜晚反而顛倒了過來，『大陸是光明的大陸，金門是黑暗的金門。』很多鄉親認為不准裝路燈實在沒有理由，於是我就根據鄉親的想法，把路燈裝了起來；但司令官認為路燈會影響戰備，會暴露軍事目標。」 「我因裝設路燈開罪長官而被調職，大家的光明，卻是我的黑暗。」

縣長也要聽從戰地政務委員會秘書長的指示辦事，前縣長陳水在先生說：「縣政府想做的事情首先要通過委員會，委員會有權力的人就是秘書長，秘書長不點頭，公文根本上不去；就縣政來說，不論蓋一座橋，修一條路，都必須秘書長同意，縣長根本做不了主。」

在戰地政務之下，一般行政人員只有聽令辦事。陳永財先生回憶說：「一般不會有磨擦，遇到命令交代下來，每個人都要聽話，並且要很認真的做事；工作方面的事情，遇有困難得自己協調，設法達成任務。一般來說，同仁之間不是不會磨擦，而是不敢有磨擦，一有磨擦，申誡、記過、撤職都有可能，所以很少有發生磨擦的現象。」

金門防衛司令部政務委員會在民國五十八年元月改為金門戰地政務委員會，委員原為五至七人，後增至七至九人，其中除首席副司令官、秘書長、縣長、烈嶼師長、烏坵指揮部指揮官為當然委員外，餘就軍政首長及地方忠貞耆紳中遴報國防部聘任，原設幕僚機構為秘書組、政務組、經濟組、主計室、監察室。五十三年增設安全室，五十五年安全室擴編為警保組，政務組、經濟組改為民政組、財經組。