盧若騰作詩︿丙甲三月初六日大風覆虜﹀記之，而洪旭等重修金門太武山海印寺也肇於此，盧若騰的(募建太武寺疏)中說：「國變以後，沿海厭苦兵戈：浯獨不改淨土。去歲三月六日，強師襲島，颶風發於俄頃，漂幾楫斷帆，盡葬魚腹；島人卒免於風鶴之震，山靈禦災捍患之功，又安可誣也。」「(太武山寺)歲久漸圮，念衷洪公，邦憲周公(周全斌，金門浦邊人，曾任鄭軍的督理五軍戎務兼管前軍總兵左督都)皆浯產也；誠與神通，慨然為興復之舉。」同年秋七月，洪旭佐鄭泰守金門，鄭成功攻福州不克而返。

永曆十一年(順治十四年，公元一六五七年)七月鄭成功自領大軍從海上北伐，洪旭奉命留守金廈。九月中旬，閩安鎮失守，鄭成功回師守廈門。十二月永曆使漳平伯周金湯偕廷世，九皋齎詔至廈門，封成功為延平王，諸將分封有別，洪旭拜受忠振伯，並詔令鄭成功進師江南。

永曆十二年(順治十五年，公元一六五八年)五月十三日鄭成功率大軍北伐，命洪旭為兵官、鄭泰為戶官，留守廈門、金門根據地。

永曆十三年(順治十六年，公元一六五九年)鄭成功圍攻南京失利，退回金廈兩島。

永曆十四年(順治十七年，公元一六六○年)洪旭屯鎮旂尾，往往策應閩南一代海事。

永曆十五年(順治十八年，公元一六六一年)三月二十三日鄭成功率軍隊約二萬五千人，由右武衛等十三個鎮組成，自金門的料羅出發，東征臺灣，洪旭等佐世子經守廈門，其弟澎湖遊擊洪暄率軍五百五十名從征。後來洪旭因留守有功，被升為中提督，又封為太子太師、忠振伯。

永曆十六年(康熙元年，公元一六六二年)四月世子鄭經私通乳媼生子；鄭成功憤恚命黃昱至廈門，諭鄭泰監殺鄭經及其母董氏教子無方；洪旭等將帥大驚，不敢從命。適傳永曆帝於四月下旬在雲南昆明被吳三桂絞殺，鄭成功聞訊憂怒成疾，五月初八日逝世。鄭經命周全斌為五軍督都，率以東肅臺灣，欲繼承父業王統，時諭忠振伯洪旭曰：「先王功益寰區；忠垂奕祀，方擬整戈北伐，平蕩中原，而疢疾彌留；中道殂落，孤子等號天泣地，哀慘莫名，叔襲包藏禍心，偽矯遺命，有稱護理，椵擾彝倫，蔑棄世子，通款夷狄，誠大明之賊子，斧鉞所必誅者也。惟爾洪旭簡自先王誠節昭著，聞喪泣血，屢陳祖訓。」(文見︽延平二王遺集︾)，經臨行託洪旭鎮守兩島，一方面防清兵襲隙，一方面防範前線將士生變。十二月，洪旭守崇武，嘗遣使稟告鄭經。

永曆十七年(康熙二年，公元一六六三年)九月清軍施琅、黃梧會同荷蘭人協助攻打金廈，鄭經退守銅山。翌年鄭軍兵糧日乏，眾志潰敗，昔時部屬周全斌、黃廷、杜輝等拒絕投靠清廷，靖南王耿繼茂疏報：「海逆洪旭、黃廷等擁鄭錦殘黨遁踞銅山，所轄偽將張傑、吳盛等率領兵民渡海投誠，群賊分艟來追，意欲乘機犯內地，總兵官王進功統兵馳剿，殲賊於陸鰲。」(見於︽清聖祖實錄︾)。洪旭知此時沿海諸島難以長期據守，奏請鄭經退防臺灣，再圖後路；鄭經採納他的看法，引軍東渡。到澎湖時洪旭巡視各島防務，在媽宮建壘，命重將駐守，以絕後患。永曆十九年(康熙四年，公元一六六五年)施琅奏請清廷攻復臺灣，鄭經召集諸將謀商對策，洪旭建言：「澎湖為東寧的門戶，無澎湖則無東寧。今宜在安平建築砲台，以十艘砲船守鹿耳港，再派良將一員鎮守澎湖，這般嚴軍固壘，敵軍便難以攻渡。」鄭經依洪旭的策略，施琅調兵攻臺不克，為清廷召返北京待命。洪旭極度重視前線邊防的做法，甚至讓其子監督水師的洪磊，率與鄭耀基同鎮守澎湖，並時時提請鄭經莫忘備武，當訓勉將士勤加操演，以待清軍出兵攻犯。

永曆二十三年(康熙八年，公元一六六九年)洪旭感染寒疾，復因積勞日久，終不治身亡，鄭經慟失元老親臨治喪。授其子磊為吏官、兼理戶官事務。平臺後康熙賜其從台南運棺回金門營葬。

洪旭一生戎馬事鄭成功父子三人；鄭芝龍降清而洪旭不改志節，力從鄭成功反清復明。金廈兩島初破，軍眾受招撫者，多晉爵加官；雖時勢不可力挽狂瀾，洪旭獨以二十舟，擁經東歸，是不變為明室效忠的忠誠。永曆二十八年(康熙十三年，公元一六七四年)耿精忠據福建反清，令人入臺結援，兵備給餉銀十萬兩，提振士氣。身逢亂世，金門正處動盪不安的侵害範圍：筆者家中留存先人抄錄的家譜，明鄭時期康熙、永曆二帝年號並立，而洪旭以一介民軍，始終效命明主，應是風雲時代鄭軍中不可多得的輔政良臣，衛國大將。

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