古寧頭是李姓世居聚落，早在明成祖永樂元年(西元1403年)，李氏祖先李應祥即於此開基。由於此地有魚鹽蠔等海產之利，復有山林水澤之便，土壤豐沃，適於種作，故家族昌盛，子孫繁衍日多，形成一個大聚落。　

　　古寧頭舊名「古龍頭」，其西北方低濕的灣澳窪地，每次遇到潮汐起落，大潮會挾海水長驅直入。尤其到了農曆九月，更是狂濤巨浪、海水倒灌，大面積的農田土地都要被淹沒。居民相傳乃是「巨龍擺尾」所掀起的「龍王海潮」。　

　　經過風水地理大師仔細勘查，發現整個古寧頭由林厝、北山、南山一帶，地勢開闊突起，形似「龍頭」。龍首迴轉身軀，龍身欲騰躍出海，龍尾則屈困於灣澳之內，因而擊浪興風，造成水患，並連帶引來五路魑魅魍魎。　

　　為了制煞水路魑魅，古寧頭人便依地理師之建議，在濱海之處的海水泥沼末端，亦即巨龍擺尾的海水盡處，興建一石塔，以便鎮住「龍尾」，並制邪煞、保境安民。由於塔的位置在水陸交會之處的尾端，故又稱之為「水尾塔」。　　

　依李氏族譜所載，古寧頭的水尾塔建於清乾隆三十二年(西元1767年)。此塔全由石塊構成，造型與金門全島現有其他石塔不同。建築結構的主體是一座正四方形實心塔，分別有塔尖、塔身、塔座、塔基四部份。其底部有塔礎、塔盤、塔座，塔座寬約一百三十公分，高約五十公分，四角稜線分明，有若覆盆形狀，承受塔身的重量。

塔身則分為三層，由底部向上逐層縮小，每一層塔身之間分別有一層塔簷分隔，第一、二層塔身都是由三塊石條順向砌成，第一層高約五十公分，寬約七十公分，第二層高約四十公分，寬約六十公分；第三層的塔身則由一塊約五十公分高，四邊長為五十三公分的矩形石塊所構成，四面分別刻著「佛、法、僧、寶」四字，頂端有一個葫蘆形的塔尖，高約三十公分。

管子‧形勢篇有言：「蛟龍得水，而神可立也。」石塔藉由「佛、法、僧、寶」力量的加持，更增其神力。如今，古寧頭灣澳內的龍尾被「水尾塔」給鎮住，因此，傳說中的蛟龍無法得水，更無法興雲作雨飛騰升天。自然，古寧頭村也就脫離了被「龍王海潮」所苦的日子。

非但如此，古寧頭的地理風水也有了改善，古寧頭長久以來「文無才子、武缺將才」的宿命也因而扭轉！從明代即飽受水苦的「古龍頭」居民，忍受了三百多年「巨龍擺尾」的龍王大潮之害，最後，終於在乾隆朝時完成了「水尾塔」的興建，說來也奇怪，就在水尾塔鎮住了興風作浪的龍尾之後，李氏族人馬上就在乾隆當朝時，出了兩位顯赫的子孫。一為先平台灣林爽文之亂、又參與消滅大海盜蔡牽，立下大功的「李光顯」；另一位是在御前比武連獲三勝的「李耀先」。

水尾塔經過長年風吹浪打，至今依然屹立如昔，可知建塔的材料和工藝不凡。如今，水尾塔或許已經不復有當年鎮龍尾、制煞水路魑魅的功效，但卻早已經成為古寧頭極有特色的地標，也已經融為居民生活信仰的一部份了。