然而朝廷認為浙東會同時有三位巡撫的現象，是因為「盧某起用時來得慢些，於是導致任用上沒能專一」。但也覺得同時設置三位巡撫，確實應當界定轄區、明定委任事項權責；以避免事權分散操而讓事情窒礙難行。

盧若騰雖然是受命巡撫溫、處、寧、台四地，但實際上，當時紹興諸臣皆奉魯王朱以海監國，誠意伯劉孔昭、總督楊文驄分別佔領台州、處州與寧波；盧若騰所轄，實際上僅有溫州一府而已。當時，民窮財盡，百姓苦不堪言；糧餉無著，軍心士氣渙散。八月二十日，盧若騰抵達浙東平陽縣境，他沿路細心觀察，很快就發現朝廷之所以屢屢敗北的問題核心。九月下旬，盧若騰將自己的觀察體會，以及如何克敵致勝的方法，巨細靡遺的寫在〈微臣已入浙境恭報確聞情形兼陳制勝要著疏〉上。

盧若騰的奏疏，在隆武元年九月二十一日到了朝廷；十月初一日，聖上批覆說：「看了你的奏章後對於浙東的情況已經完全明白。台州、紹興既然已經奉了明詔，魯藩王為何沒有上表來呢？朕待魯王有如左右手，如果可以率眾抵抗滿虜，文臣武將必須聯合在一起，互相呼應，不可有隔膜仇視的情況。奏摺內關於『兵多而不精良、將多而無法統一號令』，確實指出了當前的弊病。所謂有德望的內閣大臣，如果可以壓制各地將領；黃道周已經出關了，應該可以擔此重任。」

就在盧若騰上陳制勝要著疏後，於九月下旬趕到了浙江溫州，並擇定於二十五日，擺設香案，宣示上任。在盧若騰入主溫州府後，才發現情況遠比自己想像的嚴重，經過他嚴格的考核、淘汰之後，出現了許多缺額。於是他又緊急上了〈備陳東甌匱亂情形，亟請敕補要員以便整頓疏〉，希望朝廷可以補實一些重要官員，以便可以落實整頓浙東的各種問題。

盧若騰積極整頓吏治、圖謀匡復。只是，天下紛擾，兵缺糧餉日甚，而百姓無以為繼。但是，朝廷關心的卻還是皇位繼承問題。當前一次（九月下旬）上疏，盧若騰說魯王並未有稱帝之意，隆武帝就問：魯王既然沒有稱帝之心，何以遲遲沒有上表稱臣？盧若騰在溫州就任以後，確實發現魯王身邊要臣，積極奔走，顯然另有他圖。因此，為了針對魯王作為稍做解釋，並且據實稟報溫州府面臨的困境，希望能夠爭取留用溫州府每年需要上繳朝廷的稅銀，以便支付官兵糧餉、厚實戰力。盧若騰遂於十月初上奏〈義師已有退轉之思，甌括宜修禦虜之備，懇允便宜支餉以厚兵力疏〉，幸好朝廷准予就便留用，盧若騰總算稍微緩了一口氣。

但是，才隔數日〈十月中旬〉，盧若騰就收到了督師黃道周的來信，由黃道周的門生徐柏齡親自登門奉呈。那是一封婉轉客氣、但卻令他十分為難的索取糧餉的書信，盧若騰好不容易才為溫州留用了點糧餉，如果給了督師黃道周，自己浙東馬上就撐不下去了。溫州百姓早已被超徵糧餉，同時，又不幸遇上收成不好。因此，盧若騰只能據實告之以溫州的苦處。他為難的於十一月中旬才寫下了措詞懇切、萬般無奈的〈復黃石齋督師書〉。

盧若騰對黃道周確實是懷著歉意的。當年上疏彈劾閣臣楊嗣昌時，自己只是個新進小臣，黃道周、范方等大臣卻能夠以氣節相投而引為知己。福王弘光繼位南京時，黃道周時任禮部尚書。南都覆亡後，唐王先後授黃以武英殿大學士、吏部尚書、兵部尚書，督師討伐滿虜。如今，寒冬將至、糧餉不濟，黃道周求助於盧若騰，除了希望在軍事上可以形成合圍夾擊的態勢，更重要的，是希望在軍需糧餉上也能夠得到濟助。

只是，盧若騰已經沒有絲毫能力再從溫州籌措出任何糧餉了。雖然身為浙東巡撫，但是，卻受到台州、處州、寧波等地皆已被楊文驄、劉孔昭等佔據，唯一立足之地溫州府，卻成了各方勢力壓榨的對象。盧若騰萌生了極大的無力感。為了避免朝廷文武官員無謂的惡鬥、內耗，也為了溫州百姓可以得到比較合理的對待，盧若騰決定退讓。他再度上書〈人臣無避艱險之理，事務有當變通之時，再懇聖明更易督撫以資聯絡以惠地方疏〉，希望朝廷可以變通，以楊文驄取代自己，也一併表明辭去浙東巡撫的意思。

盧若騰的上疏猶如石沉大海。聖上未置可否，盧若騰面對的困境日益加深。當時，隆武帝為了籠絡部分世家大臣，害怕他們投向魯王，因而一味的給予優渥隆寵。例如：「誠意伯」劉孔昭，他是明代開國大功臣劉基（劉伯溫）的十一世孫，誠意伯是劉基的封號，明太祖洪武三年十一月封劉基為「開國翊運守正文臣誠意伯」，俸祿二百四十石。洪武二十三年給予世襲，傳十一世為劉孔昭。朝廷原來希望藉由劉孔昭的聲望維繫人心，可是，實際情況卻恰恰相反。盧若騰深覺朝廷偏頗的用人方式，實有檢討的必要，因此，上〈重權不可輕假，誤局貴能急收疏〉申明自己並不認同朝廷一味放縱及籠絡世襲大臣的看法，可惜朝廷並未明快處理此一問題。

盧若騰效忠的隆武朝，還未和滿虜展開廝殺，就先陷入與魯藩王的溫州爭奪戰中。南明隆武朝與諸藩王，似乎還未體認到團結禦敵的重要，他們最在意的是自己的權位與利益。而滿朝文武百官賢良忠正者，被黜的被黜、退隱的退隱；餘者，競逐私慾、奉承阿諛。這一切似乎注定了南明在與滿虜對抗過程中，節節敗退的命運！

就在盧若騰感慨朝廷未辨賢愚忠奸，江西便傳來不幸的消息。督師黃道周兵敗被俘。盧若騰聞訊痛心不已。黃道周生於萬曆十三年（西元1585年），長若騰十五歲，是福建漳浦縣銅山所人，字幼玄，號石齋。自幼聰穎好學，少時就有「閩海才子」美譽。三十八歲中進士，先後任天啟朝翰林編修、經筵展書官；崇禎朝翰林侍講學士、經筵展書官；弘光朝吏部侍郎、禮部尚書；隆武朝武英殿大學士、吏部和兵部尚書等職。

在崇禎皇帝中了滿虜的反間計，處死駐守寧遠的名將袁崇煥、嚴懲輔臣錢龍錫等之後，滿朝文武，噤若寒蟬。黃道周義憤填膺，連奏三疏。但是，不僅沒能為袁等平反，反而觸怒崇禎，被連降三級。剛直不阿、敢言直諫的黃道周不計個人得失，前後上三十疏，直到被革職入獄。隆武朝，六十歲的黃道周於國家危難之時，自請募兵北上抗清，督軍江西姿源，於牛頭嶺首戰告捷，最終因孤軍深入、缺少奧援而失敗，在童家坊被俘。三月初五臨刑就義前，他囓破指頭，血書「綱常萬古，節義千秋，天地知我，家人無憂」。

盧若騰反覆吟誦著黃道周的血書，聲淚俱下，悲不能抑。去年十月，道周來書求助糧餉，正值溫州歲荒，若騰實在無能為力！回想崇禎朝時，初出茅廬的自己，不知天高地厚，上疏彈劾閣臣楊嗣昌，道周非但沒有譏誚，反而引為知己。而如今，義烈忠勇的道周已先走一步，盧若騰不禁心戚惻而淚潸然。

黃道周兵敗殉國，朝廷危在旦夕。但是，誠意伯劉孔昭依然沒有放棄吞併溫州的意圖。忠勤謀國的盧若騰腹背受敵。五月，他再上〈括兵無悔禍之心，甌郡係必爭之地，敬陳不戰屈人之著，以為善後良圖疏〉，希望朝廷在大的戰略上可以採用水師北伐江蘇，再由外而內包圍浙江。

盧若騰的建言依然未被隆武朝採納。自從督師黃道周兵敗後，清軍積極揮戈南下。明軍雖然在人數上還有極大優勢，但是地方勢力，各自為擅、多所掣肘；且兵多畏戰，將統無方，糜然之勢，雖孫吳再世，恐亦枉然。賊寇侵佔溫州態勢明顯，盧若騰孤臣孽子，七次上疏求援，無奈朝廷未加聞問，溫州終於在七月十二日淪陷。七月十四日，盧若騰上〈糧盡援絕，危疆不保，泣陳失事緣由，仰請聖明處分疏〉，乞求聖上處分，文中句句血淚，令人惻然。

「滿虜進犯東甌，臣請求救援的奏疏共有七次之多，但是最終援兵還是沒有到來；溫州府城，遂於本月十二日淪陷。起先，滿虜到了盤石，溫州百姓看到了紹興被屠殺的慘狀，都很害怕說要堅守城池（害怕遭到像紹興一樣的報復）。本月初三日，有一千多位老百姓包圍臣的官署而大聲喊說：『希望可以為成千上萬的蒼生性命著想呀』！臣哭著告訴他們說：『你們想要投降滿虜嗎？國家養你們將近三百年，你們卻反過來要投靠滿虜，怎麼忍心如此呢！你們如果真想要投降滿虜，那就先殺了我吧』！老百姓才哭著散去。

臣分別委請道、府、廳、縣各級官員，坐鎮防守七個大門；臣不分晝夜，騎馬逐一巡察，完全都沒有睡覺。然而，百姓非常恐懼害怕，願意登城協助防守的少得可憐。等到水師將領林泰來與清軍交戰被殺、陸上將領黃應運被抓，民心就更加惶恐不安了。

而距離郡城六十里，名為永嘉場的地方，有個叫做項允師的人，竟然在初五日自行剃髮渡江投降滿虜。項允師本來就是個輕薄小人，貪圖富貴，起先私通劉孔昭想要謀取溫州；等到劉孔昭戰敗以後，項允師竟然和他斷絕關係。繼前次因為林夢龍的推薦，有陛下旨意徵召任用；臣原以為如此應該足以讓他收斂起圖謀不軌的居心，想不到他看見滿虜的氣焰高張，竟然決裂到如此地步。項允師素來結交鹽販之流，此時，他卻率領所有船隻迎接滿虜，滿虜渡江進攻的計策也才定了下來。

還有城裡居住著的鄉紳反逆王欽瑞，也在初十日出城到海濱迎接滿虜。十一日時，滿虜鐵騎數千名從永嘉場登岸。臣在當晚跑遍了七座城門，約束官兵；並且招來民兵登城防守，民兵很多都私自逃跑。臣半夜到鄉紳周應期、王瑞柟的家裡敲門，哭著告訴他們說：『請一起出面呼籲士兵百姓固守家園！』。但他們二位都哭著對臣說：『人心已死，已經不是用口舌說說就能夠挽回的了』。十二日清早，臣傳令緊緊關閉七座城門。到了巳時，滿虜以鐵騎二千兵臨城下，城內叛逆忽然開門迎接滿虜進入。臣與鎮守大臣賀君堯，各自率領家丁展開巷戰。臣腰、臂各中一箭，家丁被殺傷亡殆盡，形勢已不可抵擋；於是轉入江上靖海營的舟船，與賀君堯等商議日後圖謀。