碧山陳氏緣于元朝，先祖陳德宗，祖籍晉江深滬後山鄉，曾仕於元，官居一品平章事，以剛直建諫諍言，不幸於朝罹禍，其生有三子，在家中聞訊，為避禍波及，於是各自乘舟泛海而逃，長子存志流過於福清牛田驛地方，存仁居次，帶妻子舉家乘舟遵海而南，中流遇風漂至同安縣翔風里浯洲嶼十七都後山鄉海邊，登岸擇地，就浯拓基，而世居焉。三子存義流難居於南安四十六都淗潯深溝山邊鄉。

蓋深滬前臨海，背有碧山峰，開基祖存仁乃深滬後山五房派系，因示不忘本，而沿用後山與碧山，其名之由來也。迨至民國四十六年，胡璉二任金門司令官時，為避免「後山」與「山后」村名顛倒，恐軍人混亂不清，特下令將後山除名，從此之後，專用碧山之名矣。

開基祖存仁舉家遷居後山，當時如以事理推論，初居是在鄉之東北角。依據譜載，所生五子，嫡曰二庶曰三；嫡者中央三房及門口四房，庶者西間長房、東間二房及溪墘五房；因西間房奪長，故尊稱謂大舍公。如以當時五房居住位處之分析，西間房是居於東間房之西，故分為西東房而立名、溪墘房臨溪墘而命名、門口房是在開基祖居之前而名門口、中央房是在各房之中而名中央，以上是各房名稱，各有之涵義；之後各房由鄰近拓展及向西南延伸而至現狀。

據傳西間長房之小宗祠原建有雙落，約在清初年間建造，但無敘記，是繼陳氏家廟大宗祠之後。僅知於民國十九年歲次庚午，由華僑陳清吉、陳智從（1902-1993）、陳智宗、陳智恆、陳智澤、陳維國（1889-1940）等熱心籌資改建。斯時，適陳清吉擬蓋洋樓，先前曾向門口房陳求來購得一地、在陳氏家廟之東，因嫌地小，又距原住祖房者遠，不適而棄，復逢東間房傳至十八世睿考無後，屋倒地空無人承繼，同屬庶系，再者於祖居之旁，適可利用，當經西間長房集會討論議決，該地可由陳清吉興建，但需陳清吉增資若干元與小宗祠，宗祠乃以洋樓形式，在小宗祠原址同年建築。

當時並委託陳智騫監建，在未改建之前，因陳維國原有住屋在宗祠之後。語云：「宮前祠堂後」，是人之禁忌，現又要改建增高之洋樓，更加難以居住，於是維國致函與智騫，向其提出建議，後落建築不要太逼近其住屋，前落可與小五柱後門齊，不但美觀，雙方都好，未被智騫採納，而建現形狀。之後，維國約於民國廿三年間帶眷由印尼勿里洞返里定居，有感其原屋不佳，於是向陳求來購得一地，在陳氏家廟前，建一棟一落四櫸頭居住，然維國之原舊屋亦不幸於民國卅八年冬，被國軍拆築工事，維國係文遠之父。

宗祠改建，分有前後落，前落為平屋，廳身約高於東西房間二尺。大門凹壽上書「陳氏宗祠」，門左窗上書：〈繩其祖武〉，門右窗上書：〈貽厥孫謀〉。東西房間平台上周邊製花瓶式欄杆，圍過深井至後落。後落是二樓建築，由一樓下之支柱及連環貫穿通樑等，含接至二樓上之結構，外加砌石牆壁而至於上，及洗刷水泥與蚵殼灰之特色。

一樓楹聯：

派衍滬江相國家聲昭云遠

支分潁水將軍世澤溯孔長

將略溯淵源燕翼貽厥緒

碧山成寢廟鳩工闢維新

龕前：〈平章事〉

前左：〈選魁〉

前右：〈進士〉

左通：〈氣象堂皇〉

右通：〈規模宏敞〉

二樓楹聯：

族矢丹忱締造不復仍舊貫

宗萃乙室經營幸已奠丕基

碧山鍾閒氣家聲光浯島

祠宇啟新模德澤耀金門

前通：〈滬江衍派〉

後通：〈克昌厥後〉

左通：〈春秋匪懈〉

右通：〈繼序不忘〉

一樓大廳凹壽及案桌，內置祖龕，上置〈平章事〉匾，東西是小房間，至二樓上亦同二小房間，但祖龕上不設格樓，避免子孫在上踩，有失孝思之敬。一樓大廳左右壁邊建二扶手木梯，寬各約公尺餘，扶手欄杆而至二樓，每層置有踩踢板，梯底亦有護板之優美。

宗祠建竣後，除神龕放置西間房歷代之祖考妣神主外，並將東間房之祖考妣，亦經由陳文選（1910-1944）以紅紙抄填併入祭祀。

惜乎！於民國卅八年，國軍住金，宗祠被佔用，初為辦公處，後為訓練班之講堂，至民國七十年停止，在此期間，遭受損壞，屋頂亦腐壞，爰於民國七十八年，聯繫華僑籌資協助，鄉居與旅台族親每丁出台幣四千元，內外配合，共襄盛舉，進行修建。因一樓至二樓之扶梯，遭受損壞，又因無好木料，再予修建，唯有草率將樓下轉彎處，改建水泥鋪階，扶手亦改為不繡鋼，雖勉可而上，但較不如前之隱固。並在同年整修完工，總耗資台幣未詳，無法登錄敘記。