西晉太康三年（公元二八二年），析建安郡地置晉安郡（郡治在今福州，隸於揚州），改東安縣為晉安縣，同年析晉安縣置同安縣 ，此為同安縣級建置之始。可是設而復裁，當年又併入晉安縣，但「同安之名始此」，迄今已有一千七百二十六年。據說設縣時取「同山」（即縣邑之東梅山，上有隋唐始建的梅山蓮寺和宋代朱熹以朱砂書寫的「同山」石字）的「同」字配以寓意安定的「安」字作為縣名。唐貞元十九年（公元八○三年）析南安縣西南四鄉（即永豐、明盛、綏德、武德）置大同場，是為同安縣之前身，同時還闢金門為牧馬監地，陳淵為牧馬侯。唐乾符三年（公元八七六年）又從大同場析出武德鄉置武德場（今長泰縣）。五代後唐長興四年（公元九三三年），審知次子王延鈞僭稱帝，升大同場為同安縣，實施縣治。當時縣境非常廣闊：東至南安小盈嶺界四十里，西至龍溪父子嶺界七十五者，南至大海黃牛峽界八十里，北至安溪龜洋嶺界五十五里。東南至南安歐嶺界四十五里，西南至龍溪衝濃頭界七十五里，東北至南安九溪舊隘界四十里，西北至長泰竹隱村界五十里。廣一百一十五里，袤一百三十五里。自縣治下至漳州府一百五十里，上至福州府五百四十里，至京師七千三百八十五里，轄境包括今天的廈門市區（思明區、湖里區）、集美區、海滄區（部分），同安區、翔安區，龍海市角尾鎮、金門縣（同安置縣時，金門凡山川海島，不科征稅）、其地形圖的形狀猶如一隻梭子蟹（俗稱虫去）故民間有「南安一條篾，晉江一塊碟，同安一隻虫去」的說法。

自五代始設縣治至清代中葉，同安縣的區域基本穩定。清代乾隆四十年（一七七五年），析翔風、民安二里（丙洲除外）及同禾里的五、六，七都置馬巷廳（田賦歸其分徵，學校仍屬縣管。至民國元年裁廳仍歸同安縣）。辛亥革命以後，同安轄地多次變動，趨勢是越來越小。

民國二年（一九一三年），十一月，析嘉禾里及翔風里的大小金門，大小嶝島、角嶼置思明縣，翌年元月正式分治。

民國三年七月，由思明縣析出大小金門島及小大嶝島置金門縣，一九一五年元月正式分治。這樣原本「虫去形」的同安縣就沒了「虫去腳」。

一九四九年九月十九日，（農曆閏七月二十七日）同安解放，半個世紀以來，同安的行政區域又有不少變動。

一九五三年十一月，自同安縣析出集美鄉歸廈門市設立集美鎮；

一九五七年三月，將同安縣灌口區的金山錦宅、鼎美、東孚四個鄉劃歸龍溪縣（今龍海市），同年四月十八日將未移交給龍溪縣的東孚、鼎美二個鄉連同灌口區所餘的九個鄉（即旗山、海山、鷹山 、舒亭、灌口、頭、珩東、僑英、石兜），全部劃給廈門市，設立廈門市郊區。

一九七一年三月，南安縣屬的大嶝公社（括大嶝、小嶝、角嶼三島）和石井公社的蓮河、霞浯二個大隊劃歸同安縣。至此，同安縣的轄域面積由一九五○的一千四百八十一萬平方公里縮小為一千零七十八點五十五平方公里。

一九九七年四月三十日，撤縣改設廈門市同安區，原來的轄地不變。

二○○三年十月十九日，自同安區析出「同安東半縣」的新店、馬巷、大嶝、內厝、新墟五個鎮和大帽山農場（相當清代除金門外馬巷廳的範圍）正式成立翔安區（自轄地的翔風里和民安里各取一字合為新區的名稱）。翔安區面積為三百五十一點六平方公里，而至今同安區的面積僅有七百二十七平方公里，但仍然是廈門市最大的行政區域。

同安實施縣治後，宋代屬青源軍，元代屬泉州路，明，清屬福建省泉州府。一九五○年七月屬福建省泉州行政督察專員公署（後改為晉江專區）。一九五八年十月，改隸於廈門市一九七○年十月，再劃歸晉江地區，一九七三年九月，又歸屬廈門市至今。

同安縣於宋熙寧間立都圖，轄三鄉（即永豐、明盛、綏德）十一里（即同禾、民安、翔風、嘉禾、長興、從順、感化、歸德、仁德、安仁、 積善）。元代改里為都，共三鄉四十四都。明初恢復里、增設在坊里（縣城區）。清代光緒間實行保甲製、改圖為保，清末民初，建製層次為縣、鄉、里、都、保、甲六級。解放後其轄地歷經區、公社、鄉、鎮、街道辦事處等建製。

同安縣城在大輪山南麓，南宋紹興十五年（一一四五年）知縣王軾創築，十八年知縣劉寬成之。城牆週長七百九十五丈，高一丈二尺；護城濠寬，深各二丈，設立五個城門，東曰朝天，西曰厚德，南曰銅魚，北曰拱辰，西北曰慶豐。城因「東西廣，南北隘，如銀錠樣、故名銀城。南溪有三石，狀若魚，色若銅，故又名銅魚城。」（康熙版《大同志》卷一）故「銀城」、「銅魚城」，成為同安縣別稱。「銅魚」為朱熹首仕同安縣主簿時所號， 並留「銅魚水深，朱紫成林」讖語：二○○○年五月下旬於銅魚池遺址清出「銅魚」三尾，石珠一顆，千年古蹟銅魚池正在修復中「神色迎水躍」（蔡獻臣詩）風光即將再現。此外，銀同、銀邑、同邑又是古同安的泛稱，在海內外同安籍鄉親家藏的譜牒中經常可以看到。

民國年間旅居新加坡的僑商詩人洪鏡湖（馬巷窗東人，大陸當今著名作家陳慧瑛是他外孫女），賦有《登大輪山寫望》一詩，古同安的風貌可從詩中領略一番：

邑於輪山下，萬派注而傾，雙溪匯合處，是我同安城，長橋分兩道，利濟便行人，南薰（即南門橋）二百尺，西安（即西橋）倍其程。奔流到滄海，無限萬里情，東望金門去，群島自縱橫。西望廈門去，鼓浪若有聲。所以同安人，自昔事長征，南來東南亞，北上達幽并。地勢使然之，奇跡因產生，中國通文化，集合總其成。行見蒸蒸上，發展莫與京。